Fergelykjende Genomics
Service Foardielen
●Wiidweidige saakkundigens en publikaasje records: mei akkumulearre hat BMKGene mear dan 90 ferlykjende genomika-projekten foltôge, mei in kumulative ynfloedfaktor berikt 900.
●Wiidweidige bioinformatika analyze: it analysepakket befettet de acht meast fereaske analyzes, it leveret goed ûntworpen sifers klear om te publisearjen en makket in maklike ynterpretaasje fan 'e resultaten mooglik
●Heech betûft bioinformatika-team en koarte analysesyklus: mei grutte ûnderfining yn ferlykjende genomika-analyze, foldocht it team fan BMKGene oan ferskate personaliseare analyse-easken yn in koarte turn-around tiid
●Stipe nei ferkeap:Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Service Spesifikaasjes
| Geschatte turn-around tiid | Oantal soarten | Analyses |
| 30 wurkdagen | 6 - 12 | Gene famylje klustering Gene-famylje útwreiding en krimp Phylogenetic beam konstruksje Skatting fan diverginsjetiid (fossilkalibraasje fereaske) LTR-ynfoegje tiid (foar planten) Folsleine genoomduplikaasje (foar planten) Selektive druk Synteny analyze |
Bioinformatika analyzes
● Gene famylje
● Phylogenetics
● Diverginsje tiid
● Selektive druk
● Synteny analyze
Sample easken en levering
Sample easken:
Tissue as DNA foar genoomsekwinsjes en gearstalling
Foar Tissue
| Soarten | Weefsel | Enkête | PacBio CCS |
| Bist | Visceral weefsel | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muscle weefsel | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Sûchdier bloed | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Poultry / Fish bloed | |||
| Plantsje | Fresh Leaf | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petalje/Stam | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Root / Sied | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Sellen | Kultuer sel | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Genome sequence triemmen (.fasta) en annotaasje triemmen (.gff3) fan nau besibbe soarten
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
*Demo-resultaten werjûn hjir binne allegear fan genomen publisearre mei Biomarker Technologies
1.LTR ynfoegje tiid skatting: De figuer toant in unike bimodal ferdieling yn LTR-RTs ynfoegje kear yn Weining rogge genome, ferlike mei oare soarten. De meast resinte pyk ferskynde sawat 0,5 miljoen jier lyn.
Li Guang et al.,Natuer Genetika, 2021
2.Phylogeny en genefamylje-analyze op chayote (Sechium edule): Troch analysearjen fan chayote en de oare 13 besibbe soarten yn genefamylje, waard fûn dat Chayote it nauwst besibbe wie mei snake gourd (Trichosanthes anguina). Chayote ôflaat fan snake gourd yn om 27-45 Mya en hiele genome duplication (WGD) waard waarnommen yn chayote yn 25±4 Mya, dat is it tredde WGD evenemint yn cucuibitaceae.
Fu A et al.,Túnbouûndersyk, 2021
3.Synteny-analyze: Guon genen dy't relatearre binne oan phytohormonen yn fruchtûntwikkeling waarden fûn yn chayote, snake gourd en squash. Korrelaasje tusken chayote en squash is wat heger as dy tusken chayote en snake kalbas.
Fu A et al.,Túnbouûndersyk, 2021
4.Gene famylje analyze: KEGG ferriking op gene famylje útwreiding en contraction yn G.thurberi en G.davidsonii genomes sjen litte dat steroid biosynthesis en brassinosteroid biosynthesis relatearre genen waarden útwreide.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5.Whole genome duplication analyze: 4DTV en Ks distribúsje analyze toand hiele genome duplication evenemint. Peaks fan intraspecies toand duplication barrens. Peaks fan interspecies sjen litten speciation eveneminten. De analyze joech oan dat yn ferliking mei de oare trije nau besibbe soarten, O. europaea mear resint in grutskalige genduplikaasje gie.
Rao G et al.,Túnbouûndersyk, 2021
BMK gefal
Rose sûnder prikel: genomyske ynsjoggen keppele oan fochtoanpassing
Publisearre: National Science Review, 2021
Sequencing strategy:
'BasyeThornless' (R.Wichurainan) genoom:
Ca. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Key resultaten
1.High kwaliteit R.wichuraiana genome waard konstruearre mei help fan lange-lêzen sequencing techniken, dy't opbringe in gearkomste fan 530.07 Mb (Estimerte genome grutte wie likernôch 525.9 Mb troch flow cytometry en 525.5 troch genome survey; Heterozygosity wie om 1.03%). BUSCO skatte skoare wie 93,9%. Yn fergeliking mei "Alde blush" (haploOB), waard de kwaliteit en folsleinens fan dit genome befêstige troch basis-single-base accuracy en LTR assembly index (LAI = 20.03). R.wichuraiana-genoom befettet 32.674 proteïnkodearjende genen.
2.Multi-omics mienskiplike analyze, besteande út ferlykjende genomics, transcriptomics, QTL analyze fan genetyske populaasje, die bliken de krúsjale speciation tusken R. wichuraiana en Rosa chinensis. Ek ekspresjefariaasje fan besibbe genen yn QTL wiene wierskynlik ferbûn mei stamprickle-patroanen.
Fergelykjende genomika-analyze tusken Basye's Thornless en Rosa chinensis ynklusyf synteny-analyze, genfamyljekluster, útwreidings- en krimpanalyse, iepenbiere in grut oantal fariaasjes, dy't relatearre oan krúsjale eigenskippen yn roazen. De unike útwreiding yn NAC en FAR1 / FRS genfamylje wie tige wierskynlik ferbûn mei ferset tsjin swarte spot.
Fergelykjende genomika-analyze tusken BT- en haploOB-genoom.
Zhong, M., et al. "Roaze sûnder prikel: genomyske ynsjoggen keppele oan fochtoanpassing"National Science Review, 2021;, nwab092.
