BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Romtlike transkriptom Technyske skema
Features
- Resolúsje: 3,5 µM
- Spotdiameter: 2,5 µM
- Oantal spots: sawat 4 miljoen
- 3 mooglike opmaakgebietformaten: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm of 15 mm * 20 mm
- Elke barcoded kraal is laden mei primers gearstald út 4 seksjes:
• poly (dT) sturt foar mRNA priming en cDNA synteze,
• Unike Molecular Identifier (UMI) foar in korrizjearje amplification bias
• Romtlike barcode
• Binding folchoarder fan partiel lêzen 1 sequencing primer
- H&E en fluorescent kleuring fan seksjes
- Mooglikheid om technology foar selsegmentaasje te brûken: yntegraasje fan H&E-kleuring, fluorescent kleuring, en RNA-sekwinsje om de grinzen fan elke sel te bepalen en geneekspresje oan elke sel korrekt ta te jaan. Ferwurkjen streamôfwerts Romtlike profilearring analyze basearre op sel bin.
- Mooglik om multilevel-resolúsje-analyse te berikken: Fleksibele multi-level-analyse fariearjend fan 100um oant 3.5 um om ferskate weefselfunksjes op te lossen by optimale resolúsje.
Foardielen fan BMKMANU S3000
-Ferdûbeling fan capture spots nei 4 Miljoen: mei in ferbettere resolúsje fan 3.5 uM, dy't liedt ta in hegere gen- en UMI-deteksje per sel. Dit resulteart yn ferbettere klustering fan sellen basearre op transkripsjonele profilen, mei fynere details dy't oerienkomme mei de weefselstruktuer.
- Subsellulêre resolúsje:Elk fangengebiet befette> 2 miljoen romtlike barcoded spots mei in diameter fan 2.5 µm en in ôfstân fan 5 µm tusken spotsintra, wêrtroch romtlike transkriptoomanalyse mei sub-sellulêre resolúsje (5 µm) mooglik is.
-Multi-level resolúsje analyze:Fleksibele analyse op meardere nivo's fariearjend fan 100 μm oant 5 μm om ferskate weefselfunksjes op te lossen by optimale resolúsje.
-Mooglikheid om "Trije yn ien slide" selsegmentaasjetechnology te brûken:kombinearjen fan fluorescence kleuring, H&E kleuring, en RNA-sekwinsje op ien slide, ús "trije-yn-ien" analyse algoritme machtigje de identifikaasje fan sel grinzen foar folgjende sel-basearre transkriptomics.
-Kompatibel mei meardere sequencing platfoarms: sawol NGS as langlêzen sequencing beskikber.
-Fleksibel ûntwerp fan 1-8 aktyf capture gebiet: de grutte fan it opnamegebiet is fleksibel, it is mooglik om 3 formaten te brûken (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm en 15 mm * 20 mm)
-One-stop tsjinst: yntegrearret alle ûnderfining en feardigens-basearre stappen, ynklusyf cryo-seksje, kleuring, weefsel optimalisaasje, romtlike barcoding, biblioteek tarieding, sequencing, en bioinformatics.
-Wiidweidige bioinformatika en brûkerfreonlike fisualisaasje fan resultaten:pakket omfettet 29 analyzes en 100+ sifers fan hege kwaliteit, kombinearre mei it brûken fan eigen ûntwikkele software foar in fisualisearjen en oanpasse sel splitting en spot clustering.
-Oanpaste gegevens analyze en fisualisaasje: beskikber foar ferskate ûndersyksoanfragen
-Heech betûft technysk team: mei ûnderfining yn mear as 250 weefselsoarten en 100+ soarten ynklusyf minske, mûs, sûchdier, fisk en planten.
-Real-time updates oer it heule projekt: mei folsleine kontrôle fan eksperimintele foarútgong.
-Opsjonele mienskiplike analyze mei Single-cell mRNA sequencing
Service Spesifikaasjes
| Sample Requirements | Biblioteek | Sequencing Strategy | Data Recommended | Kwaliteitskontrôle |
| OCT-ynbêde kryo-samples (Optimale diameter: ca. 6×6×6 mm³) 2 blokken per sample 1 foar eksperimint, 1 foar reservekopy | S3000 cDNA Bibleteek | Illumina PE150 | 160K PE-lêzen per 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Foar mear details oer sample tarieding begelieding en tsjinst workflow, nim dan gerêst te praten mei inBMKGENE ekspert
Service Work Flow
Yn 'e monstertariedingsfaze wurdt in earste proef foar bulk-RNA-ekstraksje útfierd om te garandearjen dat in RNA fan hege kwaliteit kin wurde krigen. Yn it weefseloptimalisaasjestadium wurde de seksjes kleurd en fisualisearre en wurde de permeabilisaasjebetingsten foar mRNA-frijlitting út weefsel optimalisearre. It optimalisearre protokol wurdt dan tapast tidens biblioteekbou, folge troch sequencing en gegevensanalyse.
De folsleine tsjinst workflow omfettet real-time updates en client befêstigings te behâlden in responsive feedback loop, garandearje soepele projekt útfiering.
De gegevens oanmakke troch BMKMANU S3000 wurdt analysearre mei help fan de software "BSTMatrix", dat is ûnôfhinklik ûntwurpen troch BMKGENE, generearje in sel nivo en multilevel resolúsje Gene Expression Matrix. Fan dêrút wurdt in standertrapport generearre dat gegevenskwaliteitskontrôle, ynterne-sample-analyse en yntergroepanalyse omfettet.
- Gegevenskwaliteitskontrôle:
- Gegevensútfier en distribúsje fan kwaliteitskoare
- Gendeteksje per plak
- Tissue dekking
- Analyse fan ynterne stekproef:
- Gene rykdom
- Spot klustering, ynklusyf redusearre diminsje analyze
- Differinsjaal ekspresje analyze tusken klusters: identifikaasje fan markergenen
- Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
- Inter-groep analyze
- Re-kombinaasje fan spots út beide samples (bgl. sike en kontrôle) en re-cluster
- Identifikaasje fan markergenen foar elke kluster
- Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
- Differinsjaal útdrukking fan deselde kluster tusken groepen
Derneist is de BMKGene ûntwikkele "BSTViewer" in brûkerfreonlik ark dat de brûker mooglik makket om de gene-ekspresje te visualisearjen en spotclustering by ferskate resolúsjes.
BMKGene biedt romtlike profilearring tsjinsten op sekuere single-cell resolúsje (basearre op sel bin of multilevel fjouwerkante bin fan 100um to 3.5um).
Romtlike profilearring gegevens fan weefsel seksjes op S3000 slide prestearre goed as hjirûnder.
Case study 1: Mûsbrein
Analyse fan in mûsharsenseksje mei S3000 resultearre yn 'e identifikaasje fan ~ 94 000 sellen, mei in mediaan sequencing fan ~ 2000 genen per sel. De ferbettere resolúsje fan 3.5 uM resultearre yn in heul detaillearre klustering fan 'e sellen basearre op transkripsjonele patroanen, mei de klusters fan sellen dy't de harsens differinsjearre struktueren mimike. Dit is maklik te observearjen troch de ferdieling fan sellen te visualisearjen dy't klustere binne as oligodendrozyten en mikroglia-sellen, dy't hast allinich yn respektivelik grize en wite stof sitte.
Case study 2: Mûs embryo
Analyse fan in mûs embryo seksje mei S3000 resultearre yn de identifikaasje fan ~ 2200 000 sellen, mei in mediaan sequencing fan ~ 1600 genen per sel. De ferbettere resolúsje fan 3.5 uM resultearre yn in tige detaillearre klustering fan 'e sellen basearre op transkripsjonele patroanen, mei 12 klusters yn it gebiet fan it each en 28 klusters yn it gebiet fan 'e harsens.
Ynderlike stekproef Analyse Selklustering:
Identifikaasje fan markergenen en romtlike ferdieling:
- hegere sub-sellulêre resolúsje: Yn ferliking mei S1000-slide, befette elk fangengebiet fan S3000> 4 miljoen romtlike barcoded spots mei in diameter fan 2.5 µm en in ôfstân fan 3.5 µm tusken spotsintra, wêrtroch romtlike transkriptoomanalyse mei hegere sub-sellulêre resolúsje mooglik is (fjouwerkante bak: 3,5 µm).
- Hegere capture effisjinsje: fergelike mei S1000 slide, Median_UMI ferheging fan 30% nei 70%, Median_Gene ferheging fan 30% nei 60%
Skema fan S1000-chip:
Skema fan S3000-chip:
