BMKMANU S1000 Romtlike transkriptoom
BMKMANU S1000 Romtlike Transkriptom Technysk Scheme
Features
● Resolúsje: 5 µM
● Spotdiameter: 2,5 µM
● Oantal spots: likernôch 2 Miljoen
● 3 mooglike opmaakgebietformaten: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm of 15 mm * 20 mm
● Elke barcoded kraal wurdt laden mei primers gearstald út 4 seksjes:
poly(dT) sturt foar mRNA-priming en cDNA-synteze
Unique Molecular Identifier (UMI) om amplifikaasjefoaroardielen te korrigearjen
Romtlike barcode
Binende folchoarder fan partiel lêzen 1 sequencing primer
● H & E en fluorescent kleuring fan seksjes
● Mooglikheid om te brûkensel segmentaasje technology: yntegraasje fan H & E kleuring, fluorescent kleuring, en RNA sequencing te bepalen de grinzen fan elke sel en korrekt tawize gene ekspresje oan eltse sel.
Foardielen fan BMKMANU S1000
●Subsellulêre resolúsje: Elk fangengebiet befette> 2 miljoen romtlike barcoded spots mei in diameter fan 2.5 µm en in ôfstân fan 5 µm tusken spotsintra, wêrtroch romtlike transkriptoomanalyse mei sub-sellulêre resolúsje (5 µm) mooglik is.
●Multi-level resolúsje analyze:Fleksibele analyse op meardere nivo's fariearjend fan 100 μm oant 5 μm om ferskate weefselfunksjes op te lossen by optimale resolúsje.
● Mooglikheid om "Trije yn ien slide" Cell Segmentation Technology te brûken:Troch kombinearjen fan fluoreszenskleuring, H&E-kleuring, en RNA-sekwinsje op ien slide, makket ús "trije-yn-ien" analysealgoritme de identifikaasje fan selgrinzen foar folgjende sel-basearre transkriptomika.
●Kompatibel mei Multiple Sequencing Platforms: Sawol NGS as langlêzen sequencing beskikber.
●Fleksibel ûntwerp fan 1-8 Active Capture Area: De grutte fan it opnamegebiet is fleksibel, omdat it mooglik is om 3 formaten te brûken (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm en 15 mm * 20 mm)
●One-stop Service: It yntegreart alle ûnderfining en feardigens-basearre stappen, ynklusyf cryo-seksje, kleuring, weefseloptimalisaasje, romtlike barcoding, biblioteektarieding, sequencing, en bioinformatika.
●Wiidweidige bioinformatika en brûkerfreonlike fisualisaasje fan resultaten:pakket omfettet 29 analyzes en 100+ sifers fan hege kwaliteit, kombinearre mei it brûken fan eigen ûntwikkele software foar in fisualisearjen en oanpasse sel splitting en spot clustering.
●Oanpaste data-analyze en fisualisaasje: beskikber foar ferskate ûndersyksoanfragen
●Heech bekwame Technyske Team: mei ûnderfining yn mear as 250 weefselsoarten en 100+ soarten ynklusyf minske, mûs, sûchdier, fisk en planten.
●Real-time updates op hiele projekt: mei folsleine kontrôle fan eksperimintele foarútgong.
●Opsjonele Joint Analysis mei Single-cell mRNA Sequencing
Service Spesifikaasjes
|
Foarbyld Requirements
| Biblioteek |
Sequencing strategy
| Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| OCT-ynbêde kryo-samples, 3 blokken per stekproef | S1000 cDNA bibleteek | Illumina PE150 (oare platfoarms beskikber) | 100K PE lêst per 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Foar mear details oer sample tarieding begelieding en tsjinst workflow, nim dan gerêst te praten mei inBMKGENE ekspert
Service Work Flow
Yn 'e monstertariedingsfaze wurdt in earste proef foar bulk-RNA-ekstraksje útfierd om te garandearjen dat in RNA fan hege kwaliteit kin wurde krigen. Yn it weefseloptimalisaasjestadium wurde de seksjes kleurd en fisualisearre en wurde de permeabilisaasjebetingsten foar mRNA-frijlitting út weefsel optimalisearre. It optimalisearre protokol wurdt dan tapast tidens biblioteekbou, folge troch sequencing en gegevensanalyse.
De folsleine tsjinst workflow omfettet real-time updates en client befêstigings te behâlden in responsive feedback loop, garandearje soepele projekt útfiering.
De gegevens generearre troch BMKMANU S1000 wurdt analysearre mei help fan de software "BSTMatrix", dat is ûnôfhinklik ûntwurpen troch BMKGENE, generearje in Gene Expression Matrix. Fan dêrút wurdt in standertrapport generearre dat gegevenskwaliteitskontrôle, ynterne-sample-analyse en yntergroepanalyse omfettet.
● Gegevenskwaliteitskontrôle:
Gegevensútfier en distribúsje fan kwaliteitskoare
Gendeteksje per plak
Tissue dekking
● Analyse fan ynterne stekproef:
Gene rykdom
Spot klustering, ynklusyf redusearre diminsje analyze
Differinsjaal ekspresje analyze tusken klusters: identifikaasje fan markergenen
Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
● Inter-groep analyze:
Re-kombinaasje fan spots út beide samples (bgl. sike en kontrôle) en re-cluster
Identifikaasje fan markergenen foar elke kluster
Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
Differinsjaal útdrukking fan deselde kluster tusken groepen
Derneist, BMKGENE ûntwikkele "BSTViewer" is in brûkerfreonlik ark dat de brûker mooglik makket om de gene-ekspresje te visualisearjen en spotclustering by ferskate resolúsjes.
BMKGene ûntwikkele software foar brûker freonlik fisualisaasje
BSTViewer spot klustering by resolúsje op meardere nivo's
BSTcellViewer: automatyske en hânmjittich sel splitting
Analyse fan ynterne stekproef
Spot klustering:
Identifikaasje fan markergenen en romtlike ferdieling:
Inter-groep Analysis
Gegevenskombinaasje fan beide groepen en opnij kluster:
Markergenen fan nije klusters:
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's romtlike transkriptomika-tsjinsten mei de BMKManu S1000-technology yn dizze featured publikaasje:
Song, X. et al. (2023) 'Romtlike transkriptomika ûntbleatet ljocht-induzearre chlorenchyma-sellen belutsen by it befoarderjen fan shootregeneraasje yn tomaat callus',Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(38), s. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Jo, Y. et al. (2023) 'Systematyske fergeliking fan sequencing-basearre romtlike transkriptomyske metoaden',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
