Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S / 18S / ITS) sequencing mei Illumina is in metoade foar it analysearjen fan mikrobieel ferskaat troch mikrobiële profilen te identifisearjen neffens har sekwinsjes en dan besykje de rykdom en ferskaat fan 'e mienskip te ûntsiferjen binnen elke stekproef en tusken samples. De BMKCloud Amplicon (NGS) pipeline lit de analyse fan 16S, 18S, ITS en meardere funksjonele genen mooglik meitsje. It begjint mei lêzen trimmen, gearstalling fan pear-ein-lêzen en kwaliteitsbeoardieling, folge troch klustering fan ferlykbere lêzings om Operational Taxonomic Units (OTU's) te generearjen brûkt yn seis ferskillende analyseseksjes. Taksonomyske annotaasje jout ynformaasje oer de relative oerfloed en gearstalling fan elke stekproef, wylst alfa- en beta-ferskaatanalyses rjochtsje op respektivelik mikrobieel ferskaat binnen en tusken samples. Differinsjaal analyze tusken groepen fynt OTU's dy't ferskille mei sawol parametryske as net-parametryske testen, wylst korrelaasjeanalyse dizze ferskillen relatearret oan omjouwingsfaktoaren. Uteinlik wurdt funksjonele gen-oerfloed foarsein op basis fan marker-gen-oerfloed, en jout ynsjoch yn funksje en ekology yn elke stekproef.