16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Service Features
● Sequencing platfoarm: Illumina NovaSeq.
● Amplifikaasje fan koarte regio's fan 16S, 18S en ITS, ûnder oare amplifikaasjedoelen.
● Fleksibele karren fan amplicon.
● Foarige projektûnderfining mei meardere amplifikaasjedoelen.
Service Foardielen
●Isolaasjefrij:Snelle identifikaasje fan mikrobiële komposysje yn miljeumonsters.
●Hege resolúsje: Yn leech-oerfloedige komponinten yn miljeumonsters.
●Wiid tapastlik: Diverse mikrobiele mienskipstúdzjes.
●Wiidweidige Bioinformatic Analysis: It lêste QIIME2-pakket (kwantitatyf ynsjoch yn mikrobiële ekology) mei ferskate analyzes yn termen fan databank, annotaasje, OTU / ASV.
●Wiidweidige Expertise: Mei 150 tûzen amplicon sequencing projekten útfierd jierliks, BMKGENE bringt mear as in desennium fan ûnderfining, in heechkwalifisearre analyse team, wiidweidige ynhâld, en poerbêst post-ferkeap stipe.
Service Spesifikaasjes
| Biblioteek | Sequencing Strategy | Gegevens oanrikkemandearre |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (lêze pearen) |
Service Requirements
| Konsintraasje (ng/µL) | Totaal bedrach (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Boaiem / slyk: 1-2g
● Intestinal ynhâld-dier: 0,5-2g
● Intestinal ynhâld-insect: 0,1-0,25g
● Plant oerflak (ferrike sedimint): 0,1-0,5g
● Fermentation bouillon ferrike sedimint): 0.1-0.5g
● Faeces (grutte bisten): 0,5-2g
● Faeces (mûs): 3-5grains
● Pulmonary alveolar lavage fluid: filterpapier
● Vaginale swab: 5-6 swabs
● Hûd / genital swab / speeksel / orale sêfte weefsel / faryngeal swab / rektale swab: 2-3 swabs
● Oerflak mikroorganismen: filterpapier
● Waterbody / lucht / biofilm: filter papier
● Endofyten: 1-2g
● Dental Plaque: 0,5-1g
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Omfettet de folgjende analyze:
- Raw gegevens kwaliteit kontrôle
- OTU klustering / De-noise (ASV)
- OTU annotaasje
- Alpha-ferskaatanalyse: meardere yndeksen, ynklusyf Shannon, Simpson en ACE.
- Beta ferskaat analyse
- Inter-groep analyze
- Korrelaasje-analyze: tusken omjouwingsfaktoaren en OUT-komposysje en ferskaat
- 16S funksjonele genfoarsizzing
Histogram fan taksonomyske ferdieling
taksonomyske oerfloed klustering waarmte kaart
Alfa-diversiteitsanalyse: seldsume kromme
beta ferskaat analyze: NMDS
Intergroup analysis: LEFSE biomarker ûntdekking
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's amplicon sequencing tsjinsten mei Illumina fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, en funksje fan de Rhizosphere boaiem en Bark Microbiota yn Eucommia ulmoides', Frontiers yn mikrobiology, 13. doi: 10.3389 / FMICB.2022.855317 / FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetyske bakteriële konsortia-transplantaasje foar de behanneling fan Gardnerella vaginalis-induzearre baktearjende vaginosis yn mûzen', Microbiome, 11(1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Mikrobiomen fan loftstof sammele tidens it grûn-basearre sletten bioregenerative libbensstipe eksperimint "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Feedstock-ôfhinklike oerfloed fan funksjonele genen yn ferbân mei stikstoftransformaasje kontrolearre stikstofferlies yn kompostering', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
