Séquençage du transcriptome entier - Illumina
Caractéristiques
● Double bibliothèque pour séquencer le transcriptome complet: déplétion de l'ARNr suivie de la préparation de la bibliothèque PE150 et de la sélection de taille suivie de la préparation de la bibliothèque SE50
● Analyse bioinformatique complète de l'ARNm, du LNCRNA, du CIRNNA et du miARN dans des rapports de bioinformatique distincts
● Analyse conjointe de toute l'expression de l'ARN dans un rapport combiné, y compris l'analyse des réseaux Cerna.
Avantages de service
●Analyse approfondie des réseaux de réglementation: L'analyse du réseau CERNA est activée par le séquençage conjoint d'ARNm, du LNCRNA, du CircrA et de miARN et par un flux de travail bioinformatique exhaustif.
●Annotation complète: Nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes exprimés différentiellement (DEG) et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant un aperçu des processus cellulaires et moléculaires sous-jacents à la réponse du transcriptome.
●Expertise approfondie: Avec une expérience de la fermeture avec succès de 2100 projets de transcriptome entiers dans divers domaines de recherche, notre équipe apporte une richesse d'expérience à chaque projet.
●Contrôle de la qualité rigoureux: Nous mettons en œuvre des points de contrôle principaux à toutes les étapes, de la préparation des échantillons et de la bibliothèque au séquençage et à la bioinformatique. Cette surveillance méticuleuse garantit la livraison de résultats de haute qualité toujours de haute qualité.
●Support post-vente: Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats
Exemples d'exigences et de livraison
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| ARNr épuisé | Illumina PE150 | 16 GB | Q30 ≥ 85% |
| Taille sélectionnée | Illumina SE50 | Lectures 10-20m |
Exemples d'exigences:
Nucléotides:
| Conc. (Ng / μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Contamination limitée ou non protéique ou ADN montré sur le gel. | Rin ≥ 6,0 5.0≥28s / 18S ≥ 1,0; Élévation limitée ou non de référence |
Livraison d'échantillon recommandée
Récipient: 2 ml de tube à centrifugeuse (la papier d'étain n'est pas recommandée)
Exemple d'étiquetage: groupe + réplique par exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Face sèche: les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans la glace sèche.
2. Tubes raastables: les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation de l'ARN (par exemple RNastable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail de service
Conception d'expérience
Livraison d'échantillons
Extraction de l'ARN
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Bioinformatique
Présentation de l'expression de l'ARN
Gènes exprimés différentiellement
Analyse Cerna
MiARN exprimés différentiellement et ARN connexes
Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage du transcriptome de BMKGene à travers une collection organisée de publications.
Dai, Y. et al. (2022) «Profils d'expression complets des ARNm, des ARNnc et des miARN dans la maladie de Kashin-Beck identifiés par l'ARN-séquençage», Molecular Omics, 18 (2), pp. 154–166. doi: 10.1039 / d1mo00370d.
Liu, N. Nan et al. (2022) «Analyse des transcriptomes complètes de la résistance au froid d'Apis Cerana dans la montagne Changbai pendant la période d'hivernage.», Gene, 830, pp. 146503–146503. doi: 10.1016 / j.gene.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) «Priorisation basée sur l'intégration multi-omiques des réseaux de régulation d'ARN endogènes concurrents dans le cancer du poumon à petites cellules: caractéristiques moléculaires et candidats médicamenteux», Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. Doi: 10.3389 / Fonc.2022.904865 / Bibtex.
Xu, P. et al. (2022) `` L'analyse intégrée des profils d'expression de LNCRNA / CIRCRNA-MIRNA-MRNA révèle de nouvelles perspectives sur les mécanismes potentiels en réponse aux nématodes à nœuds racinaires dans l'arachide ', BMC Genomics, 23 (1), pp. 1–12. doi: 10.1186 / s12864-022-08470-3 / Figures / 7.
Yan, Z. et al. (2022) «Le séquençage d'ARN en transcriptome entier met en évidence les mécanismes moléculaires associés au maintien de la qualité post-récolte dans le brocoli par irradiation des LED rouge», Biologie et technologie de la post-récolte, 188, p. 111878. Doi: 10.1016 / j.postharvbio.2022.111878.
