Séquençage bisulfite du génome entier (WGBS)
Le séquençage au bisulfite du génome entier (WGBS) constitue la méthodologie de référence pour l'exploration approfondie de la méthylation de l'ADN, en particulier la cinquième position dans la cytosine (5-mC), un régulateur essentiel de l'expression des gènes et de l'activité cellulaire. Le principe du WGBS implique un traitement au bisulfite, induisant la conversion des cytosines non méthylées en uracile (C en U), tout en laissant les cytosines méthylées inchangées. Cette technique offre une résolution à base unique, permettant aux chercheurs d'étudier de manière approfondie le méthylome et de découvrir des modèles de méthylation anormaux associés à diverses affections, notamment le cancer. En utilisant le WGBS, les scientifiques peuvent acquérir des informations sans précédent sur les paysages de méthylation à l’échelle du génome, offrant ainsi une compréhension nuancée des mécanismes épigénétiques qui sont à la base de divers processus biologiques et maladies.
Caractéristiques des services
● Nécessite un génome de référence.
● De l'ADN lambda est ajouté pour surveiller l'efficacité de la conversion du bisulfite.
● Séquençage sur Illumina NovaSeq.
Avantages des services
●L’étalon-or pour la recherche sur la méthylation de l’ADN: Cette technologie de traitement de conversion par méthylation mature a une grande précision et une bonne reproductibilité.
●Large couverture et résolution à base unique :détection des sites de méthylation à l’échelle du génome.
●Plateforme complète :fournir un excellent service unique depuis le traitement des échantillons, la construction de bibliothèques, le séquençage jusqu'à l'analyse bioinformatique.
●Une expertise étendue: avec des projets de séquençage WGBS menés à bien sur un large éventail d'espèces, BMKGENE apporte plus d'une décennie d'expérience, une équipe d'analyse hautement qualifiée, un contenu complet et un excellent support après-vente.
●Possibilité de rejoindre l'analyse transcriptomique: permettant l'analyse intégrée du WGBS avec d'autres données omiques telles que RNA-seq.
Exemples de spécifications
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Sortie de données recommandée | Contrôle de qualité |
| Traité au bisulfite | Illumina PE150 | 30x profondeur | Q30 ≥ 85% Conversion bisulfite > 99 % |
Exemples d'exigences
| Concentration (ng/μL) | Quantité totale (µg) | Exigences supplémentaires | |
| ADN génomique | ≥5 | ≥ 400 ng | Dégradation ou contamination limitée |
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Extraction d'ADN
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Livraison des données
Comprend l’analyse suivante :
● Contrôle qualité du séquençage brut ;
● Cartographie au génome de référence ;
● Détection de bases méthylées 5mC ;
● Analyse de la distribution et annotation de la méthylation ;
● Analyse des régions différentiellement méthylées (DMR) ;
● Annotation fonctionnelle des gènes associés aux DMR.
Détection de méthylation 5mC : types de sites méthylés
Carte de méthylation. Distribution à l'échelle du génome de la méthylation 5mC
Annotation de régions hautement méthylées
Régions différentiellement méthylées : gènes associés
Régions différentiellement méthylées : annotation des gènes associés (Gene Ontology)
Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage du bisulfite du génome entier de BMKGene à travers une collection organisée de publications.
Fan, Y. et al. (2020) « Analyse des profils de méthylation de l'ADN pendant le développement des muscles squelettiques du mouton à l'aide du séquençage au bisulfite du génome entier »,Génomique BMC, 21(1), p. 1-15. est ce que je : 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) « Nouvelles perturbations de la méthylation de l'acide désoxyribonucléique chez les travailleurs exposés au chlorure de vinyle »,Toxicologie et santé industrielle, 38(7), p. 377-388. est ce que je: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et coll. (2020) « Relations entre la méthylation du génome, les niveaux d'ARN non codants, d'ARNm et de métabolites dans les tomates mûrissantes »,Le journal des plantes, 103(3), pages 980 à 994. est ce que je: 10.1111/TPJ.14778.
