Séquençage de fragments amplifiés au locus spécifique (SLAF-SEQ)
Flux de travail
Schéma technique
Fonctionnalités de service
● Séquençage sur Novaseq avec PE150.
● Préparation de la bibliothèque avec double codage à barres, permettant une mise en commun de plus de 1000 échantillons.
● Cette technique peut être utilisée avec ou sans génome de référence, avec différents pipelines bioinformatiques pour chaque cas:
Avec le génome de référence: SNP et découverte indel
Sans génome de référence: clustering d'échantillons et découverte SNP
● Dans lesilicoLes combinaisons d'enzymes de restriction multiples avant conception sont dépistées pour trouver celles qui génèrent une distribution uniforme des balises SLAF le long du génome.
● Pendant la pré-expérience, trois combinaisons enzymatiques sont testées dans 3 échantillons pour générer 9 bibliothèques SLAF, et ces informations sont utilisées pour choisir la combinaison optimale enzymatique de restriction pour le projet.
Avantages de service
●Découverte de marqueur génétique élevé: L'intégration d'un système de code-barres à double débit élevé permet le séquençage simultané de grandes populations, et l'amplification spécifique au locus améliore l'efficacité, garantissant que les numéros de balises répondent aux diverses exigences de diverses questions de recherche.
● Faible dépendance à l'égard du génome: Il peut être appliqué aux espèces avec ou sans génome de référence.
●Conception du schéma flexible:: Une seule enzyme, une digestion à double enzyme, une digestion multi-enzymatique et divers types d'enzymes peuvent tous être sélectionnés pour répondre à différents objectifs de recherche ou espèces. LesilicoLe pré-conception est effectué pour assurer une conception enzymatique optimale.
● Haute efficacité de la digestion enzymatique: La conduction d'unsilicoLa pré-conception et un pré-expérience ont assuré une conception optimale avec une distribution uniforme des étiquettes SLAF sur le chromosome (1 TAG SLAF / 4KB) et une séquence répétitive réduite (<5%).
●Expertise approfondie: Notre équipe apporte une riche expérience à chaque projet, avec une expérience de fermeture de plus de 5000 projets SLAF-Seq sur des centaines d'espèces, y compris des plantes, des mammifères, des oiseaux, des insectes et des organismes aquatiques.
● Flux de travail bioinformatique auto-développé: BMKGene a développé un flux de travail bioinformatique intégré pour SLAF-SEQ pour garantir la fiabilité et la précision de la sortie finale.
Spécifications de service
| Type d'analyse | Échelle de population recommandée | Stratégie de séquençage | |
| Profondeur du séquençage de balises | Numéro d'étiquette | ||
| Cartes génétiques | 2 parents et> 150 progéniture | Parents: 20x WGS Offsping: 10x | Taille du génome: <400 Mo: WGS est recommandé <1 Go: Tags 100K 1-2 Go :: Tags 200K > 2 Go: 300k balises Tags max 500K |
| Études d'association à l'échelle du génome (GWAS) | ≥ 200 échantillons | 10x | |
| Évolution génétique | ≥30 échantillons, avec> 10 échantillons de chaque sous-groupe | 10x | |
Exigences de service
Concentration ≥ 5 ng / µl
Montant total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260 / 280 = 1,6-2.5
Gel d'agarose: pas de dégradation ou de contamination non limitée
Livraison d'échantillon recommandée
Conteneur: 2 ml de tube à centrifugeuse
(Pour la plupart des échantillons, nous vous recommandons de ne pas préserver en éthanol)
Exemple d'étiquetage: les échantillons doivent être clairement étiquetés et identiques au formulaire d'informations d'échantillon soumis.
Expédition: glace sèche: Les échantillons doivent d'abord être emballés dans des sacs et enterrés dans la glace sèche.
Flux de travail de service
Échantillon QC
Expérience pilote
Slaf-expériment
Préparation de bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l'analyse suivante:
- Données de séquençage QC
- Développement de la balise SLAF
Cartographie pour référencer le génome
Sans génome de référence: regroupement
- Analyse des étiquettes SLAF: Statistiques, distribution à travers le génome
- Découverte de marqueur: SNP, Indel, SNV, appel CV et annotation
Distribution des étiquettes SLAF sur les chromosomes:
Distribution des SNP sur les chromosomes:
Annotation SNP
| Année | Journal | IF | Titre | Applications |
| 2022 | Communications de la nature | 17.694 | Base génomique des giga-chromosomes et du génome giga de la pivoine des arbres Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Nouveau phytologiste | 7.433 | Les empreintes de bas de la domestication ancrent les régions génomiques d'importance agronomique en soja | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgressions artificielles à l'échelle du génome de Gossypium Barbadense dans G. hirsutum révéler des loci supérieurs pour une amélioration simultanée de la qualité et du rendement des fibres de coton caractéristiques | Génétique SLAF-Evolutionnaire |
| 2019 | Plante moléculaire | 10.81 | L'analyse génomique de la population et l'assemblage de novo révèlent l'origine des mauvaises herbes Rice comme jeu évolutif | Génétique SLAF-Evolutionnaire |
| 2019 | Génétique de la nature | 31.616 | Séquence du génome et diversité génétique de la carpe commune, Cyprinus Carpio | Carte de liaison SLAF |
| 2014 | Génétique de la nature | 25.455 | Le génome de l'arachide cultivée donne un aperçu des caryotypes de légumineuses, polyploïdes Évolution et domestication des cultures. | Carte de liaison SLAF |
| 2022 | Journal de la biotechnologie végétale | 9.803 | L'identification de ST1 révèle une sélection impliquant l'auto-stoppeur de la morphologie des graines et la teneur en pétrole pendant la domestication du soja | Développement de SLAF-Marker |
| 2022 | Journal international des sciences moléculaires | 6.208 | Identification et développement de marqueur d'ADN pour un Wheat-Leymus Mollis 2NS (2D) Substitution chromosomique décédée | Développement de SLAF-Marker |
| Année | Journal | IF | Titre | Applications |
| 2023 | Frontières en science des plantes | 6.735 | Cartographie QTL et analyse du transcriptome de la teneur en sucre lors de la maturation des fruits de Pyrus pyrifolia | Carte génétique |
| 2022 | Journal de la biotechnologie végétale | 8.154 | L'identification de ST1 révèle une sélection impliquant l'auto-stop de la morphologie des graines et de la teneur en pétrole pendant la domestication de soja
| SNP appelant |
| 2022 | Frontières en science des plantes | 6.623 | Cartographie d'association à l'échelle du génome des phénotypes à peine à la coque dans l'environnement de la sécheresse.
| Gwas |
