Séquençage du bisulfite à représentation réduite (RRBS)
Le séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS) est apparu comme une alternative rentable et efficace au séquençage au bisulfite du génome entier (WGBS) dans la recherche sur la méthylation de l'ADN. Bien que le WGBS fournisse des informations complètes en examinant l’intégralité du génome avec une résolution de base unique, son coût élevé peut être un facteur limitant. RRBS atténue stratégiquement ce défi en analysant sélectivement une partie représentative du génome. Cette méthodologie repose sur l'enrichissement des régions riches en îlots CpG par clivage MspI suivi d'une sélection de taille de fragments de 200 à 500/600 pb. Par conséquent, seules les régions proches des îlots CpG sont séquencées, tandis que celles comportant des îlots CpG éloignés sont exclues de l’analyse. Ce processus, combiné au séquençage au bisulfite, permet une détection haute résolution de la méthylation de l'ADN, et l'approche de séquençage PE150 se concentre spécifiquement sur les extrémités des inserts plutôt que sur le milieu, augmentant ainsi l'efficacité du profilage de la méthylation. Le RRBS est un outil précieux qui permet une recherche rentable sur la méthylation de l’ADN et fait progresser la connaissance des mécanismes épigénétiques.
Caractéristiques des services
● Nécessite un génome de référence.
● L'ADN lambda est utilisé pour surveiller l'efficacité de la conversion du bisulfite.
● L'efficacité de la digestion MspI est également surveillée.
● Double digestion enzymatique pour les échantillons de plantes.
● Séquençage sur Illumina NovaSeq.
Avantages des services
●Alternative rentable et efficace au WGBS: permettant d'effectuer l'analyse à moindre coût et avec des besoins en échantillons moindres.
●Plateforme complète :fournir un excellent service unique depuis le traitement des échantillons, la construction de bibliothèques et le séquençage jusqu'à l'analyse bioinformatique.
●Une expertise étendue: avec des projets de séquençage de RRBS menés à bien sur un large éventail d'espèces, BMKGENE apporte plus d'une décennie d'expérience, une équipe d'analyse hautement qualifiée, un contenu complet et un excellent support après-vente.
Spécifications des services
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Sortie de données recommandée | Contrôle de qualité |
| Bibliothèque digérée par MspI et traitée au bisulfite | Illumina PE150 | 8 Go | Q30 ≥ 85% Conversion bisulfite > 99 % Efficacité de coupe MspI > 95 % |
Exemples d'exigences
| Concentration (ng/μL) | Quantité totale (µg) |
| |
| ADN génomique | ≥ 30 | ≥ 1 | Dégradation ou contamination limitée |
Flux de travail des services
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l’analyse suivante :
● Contrôle qualité du séquençage brut ;
● Cartographie au génome de référence ;
● Détection des bases méthylées 5mC et identification des motifs ;
● Analyse de la distribution de la méthylation et comparaison des échantillons ;
● Analyse des régions différentiellement méthylées (DMR) ;
● Annotation fonctionnelle des gènes associés aux DMR.
Contrôle qualité : efficacité de la digestion (en cartographie du génome)
Contrôle qualité : conversion du bisulfite (en extraction d'informations par méthylation)
Carte de méthylation : distribution à l'échelle du génome de la méthylation 5 mC
Comparaison d'échantillons : analyse en composantes principales
Analyse des régions différentiellement méthylées (DMR) : carte thermique
Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage du bisulfite du génome entier de BMKGene à travers une collection organisée de publications.
Li, Z. et al. (2022) « Reprogrammation haute fidélité dans des cellules de type Leydig par activation CRISPR et facteurs paracrines »,Nexus PNAS, 1(4). est ce que je: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et coll. (2023) « Analyse de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome de la composition corporelle chez les jumeaux monozygotes chinois »,Journal européen d'investigation clinique, 53(11), p. e14055. est ce que je: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et coll. (2022) « Méthylation de l'ADN et rapport taille-hanche : une étude d'association à l'échelle de l'épigénome chez des jumeaux monozygotes chinois »,Journal d'investigation endocrinologique, 45(12), p. 2365-2376. est ce que je: 10.1007/S40618-022-01878-4.
