Séquençage de l'ARN procaryote
Caractéristiques
● Le traitement des échantillons d'ARN a impliqué l'épuisement de l'ARNr suivi d'une préparation directionnelle de la bibliothèque d'ARN.
● Analyse bioinformatique basée sur l'alignement sur un génome de référence
● L'analyse comprend l'expression des gènes et les DEG mais aussi la structure des transcrits et l'analyse de l'ARNs
Avantages de service
●Contrôle de la qualité rigoureux: Nous mettons en œuvre des points de contrôle principaux à toutes les étapes, de la préparation des échantillons et de la bibliothèque au séquençage et à la bioinformatique. Cette surveillance méticuleuse garantit la livraison de résultats de haute qualité toujours de haute qualité.
●Données de séquençage spécifiques au brin: En raison de la préparation de la bibliothèque d'ARN étant directionnelle, permettant l'identification des transcrits anti-sens.
●Analyse complète adaptée aux transcriptomes procaryotes: Le pipeline bioinformatique comprend non seulement une analyse de l'expression des gènes, mais aussi une analyse de la structure des transcrits, y compris l'identification des opérons, des UTR et des promoteurs. Il comprend également l'analyse des ARNs, à savoir l'annotation et la prédiction de la structure et des cibles secondaires.
●Support post-vente: Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.
Exemples d'exigences et de livraison
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Bibliothèque directionnelle appauvrie par l'ARNr | Illumina PE150 | 1-2 Go | Q30 ≥ 85% |
Exemples d'exigences:
| Conc. (Ng / μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260 / 280 = 1,8-2.0 OD260 / 230 = 1,0-2.5 Contamination limitée ou non protéique ou ADN montré sur le gel. | Rin ≥ 6,5 |
Livraison d'échantillon recommandée
Récipient: 2 ml de tube à centrifugeuse (la papier d'étain n'est pas recommandée)
Exemple d'étiquetage: groupe + réplique par exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Face sèche: les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans la glace sèche.
2. Tubes raastables: les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation de l'ARN (par exemple RNastable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail de service
Livraison d'échantillons
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Flux de travail d'analyse bioinformatique
Comprend l'analyse suivante:
● Contrôle de qualité des données brutes
● Alignement sur le génome de référence
● Évaluation de la qualité de la bibliothèque: fragmentation de l'ARN aléatoire, taille d'insertion et saturation de séquençage
● Annotation fonctionnelle des gènes de codage prévus
● Analyse de l'expression: corrélation et analyse des composants principaux (PCA)
● Expression différentielle des gènes (DEG)
● Annotation fonctionnelle et enrichissement des DEG
● Analyse de l'ARNA: prédiction, annotation, cible et prédiction de structure secondaire
● Analyse de la structure des transcrits: opérons, positions de démarrage et de fin, région non traduite (UTS), promoteur et analyse SNP / indel
Séquençage saturation
Annotation fonctionnelle des gènes de codage
Corrélation entre les échantillons
Analyse différentielle des gènes exprimés (DEG)
Analyse d'enrichissement fonctionnel
Annotation de l'ARNg
Explorez les progrès animés par les services de séquençage d'ARNm complet de BMKGene dans cette publication en vedette.
Guan, CP et al. (2018) «Changements mondiaux de transcriptome de Staphylococcus epidermidis formant le biofilm répondant à des alcaloïdes totaux de Sophorea alopecuroides»,Journal polonais de microbiologie, 67 (2), p. 223. Doi: 10.21307 / PJM-2018-024.
