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BMKMANU S3000_Transcriptome spatial
La transcriptomique spatiale est à la pointe de l’innovation scientifique, permettant aux chercheurs d’approfondir les modèles complexes d’expression génétique au sein des tissus tout en préservant leur contexte spatial. Parmi diverses plates-formes, BMKGene a développé la puce de transcriptome spatial BMKManu S3000, offrant une résolution améliorée de 3,5 µm, atteignant la plage subcellulaire et permettant des paramètres de résolution à plusieurs niveaux. La puce S3000, comportant environ 4 millions de points, utilise des micropuits recouverts de billes chargées de sondes de capture à codes-barres spatiales. Une bibliothèque d'ADNc, enrichie de codes-barres spatiaux, est préparée à partir de la puce S3000 puis séquencée sur la plateforme Illumina NovaSeq. La combinaison d’échantillons codés spatialement et d’UMI garantit l’exactitude et la spécificité des données générées. La puce BMKManu S3000 est extrêmement polyvalente, offrant des paramètres de résolution à plusieurs niveaux qui peuvent être finement adaptés à différents tissus et niveaux de détail souhaités. Cette adaptabilité positionne la puce comme un choix exceptionnel pour diverses études de transcriptomique spatiale, garantissant un regroupement spatial précis avec un bruit minimal. L'utilisation de la technologie de segmentation cellulaire avec le BMKManu S3000 permet de délimiter les données transcriptionnelles jusqu'aux limites des cellules, ce qui donne lieu à une analyse ayant une signification biologique directe. De plus, la résolution améliorée du S3000 entraîne un nombre plus élevé de gènes et d’UMI détectés par cellule, permettant une analyse beaucoup plus précise des modèles de transcription spatiale et du regroupement des cellules.
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Séquençage d’ARN à noyau unique
Le développement de techniques de capture de cellules uniques et de construction de bibliothèques personnalisées, associé au séquençage à haut débit, a révolutionné les études sur l’expression des gènes au niveau cellulaire. Cette percée permet une analyse plus approfondie et plus complète de populations cellulaires complexes, surmontant les limitations associées à la moyenne de l’expression des gènes sur toutes les cellules et préservant la véritable hétérogénéité au sein de ces populations. Si le séquençage d’ARN unicellulaire (scRNA-seq) présente des avantages indéniables, il rencontre des défis dans certains tissus où la création d’une suspension unicellulaire s’avère difficile et nécessite de nouveaux échantillons. Chez BMKGene, nous abordons cet obstacle en proposant le séquençage d'ARN mononucléaire (snRNA-seq) à l'aide de la technologie de pointe 10X Genomics Chromium. Cette approche élargit le spectre des échantillons se prêtant à l’analyse du transcriptome au niveau unicellulaire.
L'isolement des noyaux est réalisé grâce à la puce innovante 10X Genomics Chromium, dotée d'un système microfluidique à huit canaux avec doubles croisements. Dans ce système, des billes de gel incorporant des codes-barres, des amorces, des enzymes et un noyau unique sont encapsulées dans des gouttes d'huile de la taille d'un nanolitre, formant ainsi une perle de gel en émulsion (GEM). Après la formation du GEM, la lyse cellulaire et la libération de codes-barres se produisent dans chaque GEM. Par la suite, les molécules d’ARNm subissent une transcription inverse en ADNc, incorporant des codes-barres 10X et des identifiants moléculaires uniques (UMI). Ces ADNc sont ensuite soumis à la construction d’une bibliothèque de séquençage standard, facilitant une exploration robuste et complète des profils d’expression génique au niveau unicellulaire.
Plateforme : 10× Plateforme Genomics Chromium et Illumina NovaSeq
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10x Transcriptome spatial de Visium génomique
La transcriptomique spatiale est une technologie de pointe qui permet aux chercheurs d’étudier les modèles d’expression génétique au sein des tissus tout en préservant leur contexte spatial. Une plateforme puissante dans ce domaine est 10x Genomics Visium couplé au séquençage Illumina. Le principe du 10X Visium repose sur une puce spécialisée avec une zone de capture désignée où sont placées les coupes de tissus. Cette zone de capture contient des points à code-barres, chacun correspondant à un emplacement spatial unique dans le tissu. Les molécules d'ARN capturées dans les tissus sont ensuite étiquetées avec des identifiants moléculaires uniques (UMI) au cours du processus de transcription inverse. Ces spots à codes-barres et UMI permettent une cartographie spatiale précise et une quantification de l’expression des gènes à une résolution unicellulaire. La combinaison d’échantillons codés spatialement et d’UMI garantit l’exactitude et la spécificité des données générées. En utilisant cette technologie de transcriptomique spatiale, les chercheurs peuvent acquérir une compréhension plus approfondie de l'organisation spatiale des cellules et des interactions moléculaires complexes se produisant au sein des tissus, offrant ainsi des informations inestimables sur les mécanismes sous-jacents aux processus biologiques dans de multiples domaines, notamment l'oncologie, les neurosciences, la biologie du développement et l'immunologie. , et études botaniques.
Plateforme : 10X Genomics Visium et Illumina NovaSeq
