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BMKMANU S3000_Transcriptome spatial
La transcriptomique spatiale est à la pointe de l’innovation scientifique, permettant aux chercheurs d’approfondir les modèles complexes d’expression génétique au sein des tissus tout en préservant leur contexte spatial. Parmi diverses plates-formes, BMKGene a développé la puce de transcriptome spatial BMKManu S3000, offrant une résolution améliorée de 3,5 µm, atteignant la plage subcellulaire et permettant des paramètres de résolution à plusieurs niveaux. La puce S3000, comportant environ 4 millions de points, utilise des micropuits recouverts de billes chargées de sondes de capture à codes-barres spatiales. Une bibliothèque d'ADNc, enrichie de codes-barres spatiaux, est préparée à partir de la puce S3000 puis séquencée sur la plateforme Illumina NovaSeq. La combinaison d’échantillons codés spatialement et d’UMI garantit l’exactitude et la spécificité des données générées. La puce BMKManu S3000 est extrêmement polyvalente, offrant des paramètres de résolution à plusieurs niveaux qui peuvent être finement adaptés à différents tissus et niveaux de détail souhaités. Cette adaptabilité positionne la puce comme un choix exceptionnel pour diverses études de transcriptomique spatiale, garantissant un regroupement spatial précis avec un bruit minimal. L'utilisation de la technologie de segmentation cellulaire avec le BMKManu S3000 permet de délimiter les données transcriptionnelles jusqu'aux limites des cellules, ce qui donne lieu à une analyse ayant une signification biologique directe. De plus, la résolution améliorée du S3000 entraîne un nombre plus élevé de gènes et d’UMI détectés par cellule, permettant une analyse beaucoup plus précise des modèles de transcription spatiale et du regroupement des cellules.
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Bibliothèques prédéfinies DNBSEQ
DNBSEQ, développé par MGI, est une technologie NGS innovante qui a réussi à réduire encore les coûts de séquençage et à augmenter le débit. La préparation des bibliothèques DNBSEQ implique la fragmentation de l’ADN, la préparation de l’ADNsb et l’amplification en cercle roulant pour obtenir les nanobilles d’ADN (DNB). Ceux-ci sont ensuite chargés sur une surface solide puis séquencés par synthèse combinatoire sonde-ancre (cPAS). La technologie DNBSEQ combine les avantages d'un faible taux d'erreur d'amplification avec l'utilisation de modèles d'erreur à haute densité avec des nanobilles, ce qui permet un séquençage avec un débit et une précision plus élevés.
Notre service de séquençage de bibliothèques prédéfinies permet aux clients de préparer des bibliothèques de séquençage Illumina à partir de diverses sources (ARNm, génome entier, amplicon, bibliothèques 10x, entre autres), qui sont converties en bibliothèques MGI dans nos laboratoires pour être séquencées dans DNBSEQ-T7, permettant de grandes quantités de données à moindre coût.
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Interaction chromatine basée sur Hi-C
Hi-C est une méthode conçue pour capturer la configuration génomique en combinant le sondage des interactions basées sur la proximité et le séquençage à haut débit. La méthode est basée sur la réticulation de la chromatine avec du formaldéhyde, suivie d'une digestion et d'une religature de manière à ce que seuls les fragments liés de manière covalente forment des produits de ligature. En séquençant ces produits de ligation, il est possible d'étudier l'organisation 3D du génome. Hi-C permet d'étudier la répartition des parties du génome peu compactées (compartiments A, euchromatine) et plus susceptibles d'être transcriptionnellement actives, et des régions plus denses (compartiments B, hétérochromatine). Hi-C peut également être utilisé pour identifier les domaines topologiquement associés (TAD), des régions du génome qui ont des structures repliées et sont susceptibles d'avoir des modèles d'expression similaires, et pour identifier les boucles de chromatine, les régions d'ADN qui sont ancrées ensemble par des protéines et qui sont souvent enrichi d’éléments réglementaires. Le service de séquençage Hi-C de BMKGene permet aux chercheurs d'explorer les dimensions spatiales de la génomique, ouvrant ainsi de nouvelles voies pour comprendre la régulation du génome et ses implications sur la santé et la maladie.
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Kit d'ARN de plante magnétique intelligent TGuide
Kit d'ARN de plante magnétique intelligent TGuide
Purifier l'ARN total de haute qualité des tissus végétaux
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Kit d'ARN de sang/cellule/tissu intelligent TGuide
Kit d'ARN de sang/cellule/tissu intelligent TGuide
Le kit de réactifs en cartouche/plaque préremplie pour la purification d'ARN total à haut rendement, de haute pureté, de haute qualité et sans inhibiteur à partir de tissus/cellules/sang total frais d'animaux.
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Kit d'ADN de plante magnétique intelligent TGuide
Kit d'ADN de plante magnétique intelligent TGuide
Purifier l'ADN génomique de haute qualité de divers tissus végétaux
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Kit ADN de sol/selles intelligent TGuide
Kit ADN de sol/selles intelligent TGuide
Purifie l'ADN sans inhibiteur de haute pureté et qualité à partir d'échantillons de sol et de selles
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Kit de purification d'ADN intelligent TGuide
Récupère l'ADN de haute qualité à partir de produits PCR ou de gels d'agarose.
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Kit d'ADN génomique TGuide Smart Blood
Kit d'ADN génomique TGuide Smart Blood
Le kit de réactifs cartouche/plaque préremplie pour la purification de l'ADN génomique du sang et de la couche leucocytaire
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Kit d'ADN de tissus magnétiques intelligents TGuide
Le kit de réactifs cartouche/plaque préremplie pour l’extraction de l’ADN génomique des tissus animaux
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Kit ADN universel intelligent TGuide
Le kit de réactifs cartouche/plaque prérempli pour la purification de l'ADN génomique du sang, des taches de sang séché, des bactéries, des cellules, de la salive, des écouvillons oraux, des tissus animaux, etc.
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Extracteur d'acide nucléique TGuide S16
Extracteur d'acide nucléique TGuide S16
Instrument de paillasse facile à utiliser, 1 à 8 ou 16 échantillons en même temps
Numéro de catalogue / emballage
Chat. Non
ID
Nombre de préparations
OSE-S16-AM
1 ensemble
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Solution d'ARNm pleine longueur PacBio 2+3
Bien que le séquençage de l'ARNm basé sur NGS soit un outil polyvalent pour quantifier l'expression des gènes, son recours à des lectures courtes limite son efficacité dans les analyses transcriptomiques complexes. D’autre part, le séquençage PacBio (Iso-Seq) utilise une technologie à lecture longue, permettant le séquençage de transcrits d’ARNm complets. Cette approche facilite une exploration complète de l’épissage alternatif, des fusions de gènes et de la poly-adénylation, bien qu’elle ne constitue pas le choix principal pour la quantification de l’expression des gènes. La combinaison 2+3 comble le fossé entre Illumina et PacBio en s'appuyant sur les lectures PacBio HiFi pour identifier l'ensemble complet des isoformes de transcription et le séquençage NGS pour quantifier les isoformes identiques.
Plateformes : PacBio Sequel II/PacBio Revio et Illumina NovaSeq ;
