Carte thermique
L'outil Heatmap accepte un fichier de données matricielles en entrée et permet aux utilisateurs de filtrer, normaliser et regrouper les données. Le principal cas d’utilisation des cartes thermiques est l’analyse groupée du niveau d’expression génique entre différents échantillons.
Annotation des gènes
L'outil Gene Annotation effectue une annotation génétique basée sur l'alignement des séquences des fichiers FASTA d'entrée par rapport à diverses bases de données.
Outil de recherche d'alignement local de base (BLAST)
L'outil BLAST est une version intégrée à BMKCloud de NCBI BLAST et peut être utilisé pour exécuter les mêmes fonctions en utilisant les données téléchargées sur le compte BMKCloud.
Prédiction CDS_UTR
L'outil de prédiction CDS_UTR est conçu pour prédire les régions codantes (CDS) et non codantes (UTR) dans des séquences de transcription données sur la base des résultats BLAST par rapport aux bases de données de protéines connues et aux résultats de prédiction ORF.
Intrigue de Manhattan
L'outil Manhattan Plot permet d'afficher des expériences sur de nombreux échantillons et est couramment utilisé dans les études d'association pangénomique (GWAS).
Diagramme des Cirques
L'outil CIRCOS Diagram permet une visualisation efficace de la manière dont les caractéristiques génomiques sont réparties dans le génome. Les caractéristiques communes incluent les loci quantitatifs, les SNP, les InDels, les variantes structurelles et de nombre de copies.
Enrichissement de l'ontologie génétique (GO)
L'outil GO Enrichment fournit une analyse d'enrichissement fonctionnel. Le logiciel principal de cet outil est le package TopGO-Bioconductor, qui comprend l'analyse de l'expression différentielle, l'analyse de l'enrichissement GO et la visualisation des résultats.
Analyse pondérée du réseau de co-expression génique (WGCNA)
WGCNA est une méthode d'exploration de données largement utilisée pour découvrir des modules de co-expression génique. Il s'applique à divers ensembles de données d'expression, notamment les données d'expression de gènes de puces à ADN et NGS.
InterProScan
L'outil InterProScan fournit une analyse et une classification des séquences protéiques InterPro.
GO KEGG Enrichissement
L'outil d'enrichissement GO KEGG est conçu pour générer un histogramme d'enrichissement GO, un histogramme d'enrichissement KEGG et une voie d'enrichissement KEGG basés sur un ensemble de gènes fourni et l'annotation correspondante.