Séquençage du génome entier végétal / animal
Fonctionnalités de service
● La préparation de la bibliothèque peut être standard ou sans PCR
● Disponible sur 4 plates-formes de séquençage: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Prométhion P48 ou Pacbio Revio.
● Analyse bioinformatique axée sur la détection des variantes: SNP, INDEL, SV et CNV
Avantages de service
●Expertise approfondie et dossiers de publication: L'expérience accumulée dans le séquençage du génome pour plus de 1000 espèces a entraîné plus de 1000 cas publiés avec un facteur d'impact cumulatif de plus de 5000.
●Analyse complète de la bioinformatique: Y compris l'annotation des appels de variation et de la fonction.
● Support post-vente:Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.
●Annotation complète: Nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes avec des variations identifiées et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant des informations sur plusieurs projets de recherche.
Spécifications de service
| Variantes à identifier | Stratégie de séquençage | Profondeur recommandée |
| SNP et Indel | Illumina Novaseq PE150 ou MGI T7 | 10x |
| SV et CNV (moins précis) | 30x | |
| SV et CNV (plus précis) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, INDELS, SV et CNV | Revio Pacbio | 10x |
Exigences d'échantillonnage
| Tissu ou acides nucléiques extraits | Illumina / MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viscères animaux | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Muscle animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sang de mammifère | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Poultry / Fish Blood | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- feuille fraîche | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cellules cultivées |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insectes tissus mous / individus | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extrait
| Concentration: ≥ 1 ng / µl Montant: ≥ 30 ng Limité ou pas de dégradation ou de contamination
| Concentration Montant
OD260 / 280
OD260 / 230
Limité ou pas de dégradation ou de contamination
| ≥ 40 ng / µl 4 µg / cellule d'écoulement / échantillon
1.7-2.2
≥1,5 | Concentration Montant
OD260 / 280
OD260 / 230
Limité ou pas de dégradation ou de contamination | ≥ 50 ng / µl 10 µg / cellule d'écoulement / échantillon
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Préparation de la bibliothèque sans PCR: Concentration ≥ 40 ng / µl Montant ≥ 500 ng | |||||
Flux de travail de service
Livraison d'échantillons
Extraction de l'ADN
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Livraison de données
Comprend l'analyse suivante:
- Contrôle de qualité des données brutes
- Statistiques d'alignement sur le génome de référence
- Identification variante: SNP, INDEL, SV et CNV
- Annotation fonctionnelle des variantes
Statistiques d'alignement sur la référence du génome - Distribution de la profondeur de séquençage
SNP appelant parmi plusieurs échantillons
Identification INDEL - Statistiques de la longueur Indel dans la région CDS et la région à l'échelle du génome
Distribution variante à travers le génome - Circos Plot
Annotation fonctionnelle des gènes avec des variantes identifiées - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) «Une glutathion s - transférase ghTT19 détermine la pigmentation des pétales florales via la régulation de l'accumulation d'anthocyanes dans le coton», Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111 / pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) «Le génome Wild Hevea Brasiliensis au niveau du chromosome fournit de nouveaux outils pour l'élevage assisté génomique et les loci précieux pour élever le rendement en caoutchouc», Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111 / pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) «Le génome de l'huître estuarine fournit un aperçu de l'impact climatique et de la plasticité adaptative», Communications Biology 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038 / s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) «L'analyse des changements de génome et de méthylation chez les poulets indigènes chinois au fil du temps donne un aperçu de la conservation des espèces», Communications Biology, 5 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038 / s42003-022-03907-7.
