Séquençage du génome végétal / animal de novo
De novoLe séquençage fait référence à la construction du génome entier d'une espèce à l'aide de technologies de séquençage en l'absence d'un génome de référence. L'introduction et l'adoption généralisée du séquençage de troisième génération, avec des lectures plus longues, ont considérablement amélioré l'assemblage du génome en augmentant le chevauchement entre les lectures. Cette amélioration est particulièrement pertinente lorsqu'il s'agit de génomes difficiles, tels que ceux présentant une hétérozygotie élevée, un rapport élevé de régions répétitives, de polyploïdes et de régions avec des éléments répétitifs, des teneurs en GC anormales ou une complexité élevée qui sont généralement assemblées en utilisant un séquençage à lecture courte seul.
Notre solution à guichet unique fournit des services de séquençage intégrés et une analyse bioinformatique qui fournissent un génome assemblé de novo de haute qualité. Une première étude du génome avec Illumina fournit des estimations de la taille et de la complexité du génome, et ces informations sont utilisées pour guider la prochaine étape du séquençage à longue lecture avec Pacbio HiFi, suivi dede novoassemblage de contigs. L'utilisation ultérieure de l'assemblage HIC permet l'ancrage des contigs au génome, obtenant un assemblage au niveau chromosomique. Enfin, le génome est annoté par la prédiction des gènes et par le séquençage des gènes exprimés, recourant à des transcriptomes avec des lectures courtes et longues.
Fonctionnalités de service
● Intégration de services de séquençage multiples et bioinformatiques dans une solution à guichet unique:
Enquête sur le génome avec Illumina pour estimer la taille du génome et guider les étapes ultérieures;
Séquençage à longue lecture pourde novoassemblage de contigs;
Séquençage Hi-C pour l'ancrage chromosomique;
Séquençage de l'ARNm pour l'annotation des gènes;
Validation de l'assemblage.
● Service adapté à la construction de nouveaux génomes ou à l'amélioration des génomes de référence existants pour les espèces d'intérêt.
Avantages de service
Développement de plates-formes de séquençage et de bioinformatique dansde novoassemblage du génome
(Amarasinghe Sl et al.,Biologie du génome, 2020)
●Expertise approfondie et enregistrement de publication: BMKGene a accumulé une expérience massive dans l'assemblage du génome de haute qualité de diverses espèces, notamment des génomes diploïdes et des génomes très complexes d'espèces polyploïdes et allopolyploïdes. Depuis 2018, nous avons contribué à300 publications à fort impact et 20+ d'entre elles sont publiées dans Nature Genetics.
● Solution à guichet unique: Notre approche intégrée combine plusieurs technologies de séquençage et analyses bioinformatiques dans un flux de travail cohérente, offrant un génome assemblé de haute qualité.
●Adapté à vos besoins: Notre flux de travail de service est personnalisable, permettant une adaptation pour les génomes avec diverses fonctionnalités et des besoins de recherche spécifiques. Cela comprend des génomes géants, des génomes polyploïdes, des génomes hautement hétérozygotes, et plus encore.
●Bioinformatique hautement qualifiée et équipe laboratoire: Avec une grande expérience dans le front expérimental et bioinformatique des assemblages du génome complexes et une série de brevets et de droits d'auteur de logiciels.
●Support post-vente:Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.
Spécifications de service
| Étude du génome | Assemblage du génome | Niveau du chromosome | Annotation du génome |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi lit | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 Go + (facultatif) ARN-seq de longueur totale 40 Go ou Nanopore 12 Go |
Exigences de service
Pour l'étude du génome, l'assemblage du génome et l'assemblage Hi-C:
| Tissu ou acides nucléiques extraits | Étude du génome | Assemblage du génome avec Pacbio | Assemblage Hi-C |
| Viscères animaux | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥ 2 g |
| Muscle animal | ≥ 5 g | ||
| Sang de mammifère | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥ 2 ml |
| Poultry / Fish Blood | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant- feuille fraîche | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cellules cultivées |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insecte | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| ADN extrait | Concentration: ≥ 1 ng / µl Montant ≥ 30 ng Limité ou pas de dégradation ou de contamination | Concentration: ≥ 50 ng / µl Quantité: 10 µg / cellule d'écoulement / échantillon OD260 / 280 = 1,7-2.2 OD260 / 230 = 1,8-2,5 Limité ou pas de dégradation ou de contamination |
-
|
Pour l'annotation du génome avec transcriptomique:
| Tissu ou acides nucléiques extraits | Transcriptome Illumina | Transcriptome Pacbio | Transcriptome de nanopore |
| Root / tige / pétale | 450 mg | 600 mg | |
| Plante - feuille / graine | 300 mg | 300 mg | |
| Plante - Fruit | 1,2 g | 1,2 g | |
| Cœur / intestin animal | 300 mg | 300 mg | |
| Viscères / cerveau animaux | 240 mg | 240 mg | |
| Muscle animal | 450 mg | 450 mg | |
| Os d'animaux / cheveux / peau | 1 g | 1 g | |
| Arthropode - insecte | 6 | 6 | |
| Arthropode -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Sang total | 1 tube | 1 tube | |
| ARN extrait | Concentration: ≥ 20 ng / µl Quantité ≥ 0,3 µg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5≥28s / 18S ≥1 | Concentration: ≥ 100 ng / µl Quantité ≥ 0,75 µg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5≥28s / 18S ≥1 | Concentration: ≥ 100 ng / µl Quantité ≥ 0,75 µg OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7,5 5≥28s / 18S ≥1 |
Livraison d'échantillon recommandée
Récipient: 2 ml de tube à centrifugeuse (la papier d'étain n'est pas recommandée)
(Pour la plupart des échantillons, nous vous recommandons de ne pas préserver en éthanol.)
Exemple d'étiquetage: les échantillons doivent être clairement étiquetés et identiques au formulaire d'information sur l'échantillon soumis.
Expédition: glace sèche: Les échantillons doivent d'abord être emballés dans des sacs et enterrés dans la glace sèche.
Flux de travail
Flux de travail de service
Conception d'expérience
Livraison d'échantillons
Extraction de l'ADN
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Analyse bioinformatique complète, séparée en 4 étapes:
1) L'enquête sur le génome, basée sur l'analyse K-Mer avec NGS Reads:
Estimation de la taille du génome
Estimation de l'hétérozygotie
Estimation des régions répétitives
2) Assemblage du génome avec Hifi Pacbi:
De novoassemblée
Évaluation de l'assemblage: y compris l'analyse de busco pour l'exhaustivité du génome et la cartographie des lectures de NGS et Pacbio HIFI
3) Assemblage Hi-C:
Hi-C Library QC: Estimation des interactions Hi-C valides
Assemblage Hi-C: regroupement des contigs en groupes, suivi d'une commande contig dans chaque groupe et attribuant l'orientation contig
Évaluation Hi-C
4) Annotation du génome:
Prédiction d'ARN non codante
Identification des séquences répétitives (transposons et répétitions en tandem)
Prédiction des gènes
§De novo: algorithmes ab initio
§ basé sur l'homologie
§ basé sur le transcriptome, avec des lectures longues et courtes: les lectures sontde novoassemblé ou cartographié au brouillon du génome
§ Annotation des gènes prévus avec plusieurs bases de données
1) Analyse de l'étude du génome - Ker
2) Assemblage du génome
2) Assemblage du génome - PACBIO HIFI lit Mapping to Braft Assembly
2) Assemblage HI-C - Estimation des paires d'interaction valides Hi-C
3) Évaluation post-assemblage HI-C
4) Annotation du génome - Intégration des gènes prédits
4) Annotation du génome - Annotation des gènes prédits
Explorez les progrès facilités par les services d'assemblage du génome de novo de BMKGene à travers une collection organisée de publications:
Li, C. et al. (2021) «Les séquences du génome révèlent des voies de dispersion mondiales et suggèrent des adaptations génétiques convergentes dans l'évolution des chevaux de mer», Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038 / s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) «Les changements chromosomiques à grande échelle entraînent des altérations d'expression au niveau du génome, une adaptation environnementale et une spéciation dans le gayal (BOS frontalis)», la biologie et l'évolution moléculaire, 40 (1). doi: 10.1093 / molbev / msad006.
Tian, T. et al. (2023) «Assemblage du génome et dissection génétique d'un maïs à la sécheresse proéminent», Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496–506. doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) «Révolution de l'évolution de la biosynthèse des alcaloïdes tropane en analysant deux génomes dans la famille Solanaceae», Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1–18. doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Contestant des études de cas:
Assemblage de télomères à télomère:Fu, A. et al. (2023) «Assemblage du génome des télomères-télomères du melon amer (Momordica charantia L. var. Abréviata ser.) Révèle le développement des fruits, la composition et la maturation des caractéristiques génétiques», Horticulture Research, 10 (1). doi: 10.1093 / hr / uhac228.
Assemblage d'haplotypes:Hu, W. et al. (2021) «Le génome défini par l'allèle révèle une différenciation biallélique pendant l'évolution du manioc», Plant moléculaire, 14 (6), pp. 851–854. doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Assemblage géant du génome:Yuan, J. et al. (2022) «Base génomique des giga-chromosomes et du génome giga de la pivoine des arbres Paeonia ostii», Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1–16. doi: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Assemblage du génome polyploïde:Zhang, Q. et al. (2022) «Aperçu génomique de la récente réduction des chromosomes de la canne à sucre autopolyploïde Saccharum spontaneum», Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885–896. doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
