Transcriptome complet de la pleine longueur

Le séquençage du transcriptome complet de la pleine longueur, ISOSEQ, permet une identification précise des isoformes des transcrits, faisant la lumière sur la polyadénylation et l'épissage alternatifs, et conduisant à une analyse plus précise de l'expression des gènes. Le pipeline de transcriptome complet BMKCloud PACBIO est conçu pour analyser les bibliothèques d'ADNc séquencées en mode de séquençage de consensus circulaire (CCS) et identifie les séquences non chémériques (FLNC) pleine longueur, qui sont ensuite regroupées dans des transcrits non redondants. Une analyse busco ultérieure évalue l'exhaustivité de l'assemblage du transcriptome. D'après le transcriptome assemblé, plusieurs analyses sont effectuées: épissage alternatif, répétition de séquence simple (SSR), prédiction de l'ARNNc et gènes cibles correspondants, prédiction de nouveaux gènes, analyse de la famille des gènes, analyse factorielle de transcription et annotation fonctionnelle des transcrits.