Solution d'ARNm pleine longueur PacBio 2+3
Caractéristiques
● Conception de l'étude :
Échantillon groupé séquencé avec PacBio pour identifier les isoformes de transcription
Échantillons séparés (réplicats et conditions à tester) séquencés avecNGS pour quantifier l'expression de la transcription
● Séquençage PacBio en mode CCS, générant des lectures HiFi
● Séquençage des transcriptions complètes
● L'analyse ne nécessite pas de génome de référence ; cependant, il peut être utilisé
● L'analyse bioinformatique comprend non seulement l'expression au niveau des gènes et des isoformes, mais également l'analyse des ARNlnc, des fusions de gènes, de la poly-adénylation et de la structure des gènes.
Avantages
● Haute précision: Lecture HiFi avec une précision >99,9% (Q30), comparable à NGS
● Analyse d'épissage alternative: le séquençage de toutes les transcriptions permet l’identification et la caractérisation des isoformes.
● Combinaison des atouts de PacBio et NGS: permettant la quantification de l'expression au niveau de l'isoforme, dévoilant les changements qui peuvent être masqués lors de l'analyse de l'expression globale du gène
● Expertise étendue: avec une expérience dans la réalisation de plus de 1 100 projets complets de transcriptome PacBio et dans le traitement de plus de 2 300 échantillons, notre équipe apporte une richesse d’expérience à chaque projet.
● Assistance après-vente: notre engagement s'étend au-delà de la réalisation du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant cette période, nous proposons un suivi de projet, une assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toute question liée aux résultats.
Exigences en matière d'échantillons et livraison
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Bibliothèque CCS d'ARNm enrichie en PolyA | PacBio Suite II PacBio Revio | 20/40 Go 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Poly A enrichi | Illumina PE150 | 6-10 Go | Q30≥85 % |
Nucléotides
|
| Conc. (ng/μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| Bibliothèque Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel. | Pour les plantes : RIN≥4,0 ; Pour les animaux : RIN≥4,5 ; 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de la ligne de base limitée ou inexistante |
| Bibliothèque PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contamination limitée ou inexistante en protéines ou en ADN indiquée sur le gel. | Plantes : RIN≥7,5 Animaux : RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0 ; élévation de la ligne de base limitée ou inexistante |
Livraison d’échantillon recommandée
Récipient : tube à centrifuger de 2 ml (le papier d'aluminium n'est pas recommandé)
Étiquetage des échantillons : Groupe + répétition, par exemple A1, A2, A3 ; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Glace carbonique:Les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans de la neige carbonique.
2. Tubes RNAstable : les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation d'ARN (par exemple RNAstable®) et expédiés à température ambiante.
Comprend l’analyse suivante :
Contrôle qualité des données brutes
Analyse alternative de polyadénylation (APA)
Analyse des transcriptions de fusion
Analyse d'épissage alternative
Analyse comparative des orthologues universels à copie unique (BUSCO)
Analyse de nouvelles transcriptions : prédiction de séquences codantes (CDS) et annotation fonctionnelle
Analyse lncRNA : prédiction des lncRNA et des cibles
Identification microsatelite (SSR)
Analyse des transcriptions différentiellement exprimées (DET)
Analyse des gènes différentiellement exprimés (DEG)
Annotation fonctionnelle des DEG et DET
Analyse BUSCO
Analyse d'épissage alternative
Analyse alternative de polyadénylation (APA)
Gènes exprimés différentiellement (DEG) et transcriptions (analyse DETs9
Réseaux d'interaction protéine-protéine des DET et des DEG
Explorez les progrès facilités par le séquençage complet de l’ARNm PacBio 2+3 de BMKGene à travers une collection organisée de publications.
Chao, Q. et al. (2019) « La dynamique de développement du transcriptome de la tige de Populus », Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. est ce que je : 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) « Changements dynamiques dans la teneur en acide ascorbique pendant le développement et la maturation des fruits d'Actinidia latifolia (une culture fruitière riche en ascorbate) et les mécanismes moléculaires associés », International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. est ce que je : 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et coll. (2022) « Prédiction efficace des gènes de la voie de biosynthèse impliqués dans les polyphyllines bioactives des polyphylles de Paris », Communications Biology 2022 5 : 1, 5(1), pp. est ce que je: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et coll. (2023) « Analyse combinée PacBio Iso-Seq et Illumina RNA-Seq du transcriptome de Tuta absoluta (Meyrick) et des gènes du cytochrome P450 », Insectes, 14(4), p. 363. est ce que je : 10.3390/INSECTES14040363/S1.
Wang, Lijun et coll. (2019) « Une étude de la complexité du transcriptome à l'aide de l'analyse en temps réel d'une molécule unique PacBio combinée au séquençage de l'ARN Illumina pour une meilleure compréhension de la biosynthèse de l'acide ricinoléique chez Ricinus communis », BMC Genomics, 20(1), pp. est ce que je : 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
