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ARNm-seq (NGS) avec le génome de référence

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ARNm-seq (NGS) avec le génome de référence

L'ARN-Seq est un outil standard à travers la vie et les sciences des cultures, combler l'écart entre les génomes et les protéomes. Sa force réside dans la découverte de nouveaux transcriptions et la quantification de leur expression dans un essai. Il est largement utilisé pour des études transcriptomiques comparatives, en lumière sur les gènes liés à divers traits ou phénotypes, comme la comparaison des mutants aux types sauvages ou la révélation de l'expression des gènes dans des conditions spécifiques. L'application ARNm de BMKCloud (référence) intègre la quantification de l'expression, l'analyse de l'expression différentielle (DEG) et les analyses de la structure de séquence dans le pipeline bioinformatique de l'ARNm-seq (NGS) et assume les forces d'un logiciel similaire, garantissant la commodité et la convivialité. Les utilisateurs peuvent télécharger leurs données RNA-Seq sur le cloud, où l'application offre une solution d'analyse bioinformatique complète et unique. De plus, il privilégie l'expérience client, offrant des opérations personnalisées adaptées aux besoins spécifiques des utilisateurs. Les utilisateurs peuvent définir les paramètres et soumettre la mission du pipeline par eux-mêmes, vérifier le rapport interactif, afficher les données / diagrammes et terminer l'exploration de données, telles que: sélection des gènes cibles, regroupement fonctionnel, diagrammation, etc.

Résultats de la démonstration
Exploration de données
Exigence d'importation
Analyse principale
Référence
Résultats de la démonstration

Exploration de données

Exigence d'importation

Plate-forme:Illumina, MGI
Stratégie:ARN-seq
Mise en page: Paris, données propres.
Type de bibliothèque:FR-Unfast, FR-Firststrand ou FR-Secondstrand
LIRE DE LIRE:150 pb
Type de fichier:* .fastq, * .fq, * .fastq.gz ou * .fq.gz. Le systèmeAssociez automatiquement les fichiers .fastq en fonction des noms de fichiers,par exemple * _1.fastq jumelé avec * ._ 2.fastq.
Nombre d'échantillons:Il n'y a aucune restriction sur le numérod'échantillons, mais le temps d'analyse augmentera à mesure que le nombre deLes échantillons poussent.
Montant des données recommandées:6g par échantillon

Analyse principale
L'analyse principale et les outils bioinformatiques de l'ARNm-Seq (référence)Le pipeline est le suivant:
1. Contrôle de la qualité de RawData:
• Élimination des séquences de basse qualité, séquences d'adaptateur,etc;
• Outils: pipeline développé en interne;
2. Alignement des données sur un génome de référence:
• Alignez les lectures avec un algorithme conscient de l'épissage contre legénome de référence.
•Outils:Hisat2, samtools
3. Analyse de la qualité de la bibliothèque:
• Analyse de la longueur d'insertion, analyse de saturation des séquences, etc.;
•Outils:samtools;
4. Analyse de la structure de séquence:
• Analyse d'épissage alternative, optimisation de la structure des gènes,Nouvelle prédiction des gènes, etc.;
•Outils:Stringtie, gffCompare, Gatk,DIAMANT, Interproscan, etHmmer.
5. Analyse de l'expression différentielle:
• Dépistage de diplôme, analyse de co-relation, fonctionnelenrichissement;
Divers résultats de visualisation;
RavecSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq
Référence
1. Kim, Daehwan et al. «Alignement du génome basé sur le graphique etGénotypage avec Hisat2 et Hisat-Genotype. »NatureBiotechnologie37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. «La boîte à outils d'analyse du génome: unMapReduce Framework pour analyser l'ADN de nouvelle générationDonnées de séquençage. "Recherche du génome20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. «Le format d'alignement / carte de séquence etSamtools. "Bioinformatique25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. «Stringtie permet une améliorationReconstruction d'un transcriptome à partir de lectures d'ARN-seq. »NatureBiotechnologie33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. «Estimation modérée du changement de pli etDispersion pour les données RNA-Seq avec DeSeq2. »GénomeBiologie15 (2014): n. Pag.
6. Eddy, Sean R .. «Profil accéléré Hmm Recherches.»Plos Biologie informatique7 (2011): n. Pag.

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