Assemblage du génome T2T, génome libre de l'écart
1stDeux génomes de riz1
Titre: Assemblage et validation de deux génomes de référence sans écart pour le riz Xian / Indica révèle des informations sur l'architecture des centromères végétales
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Heure publié: 01 janvier 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Chine
Matériels
O. sativa xian / indicaVariétés de riz 'Zhenshan 97 (ZS97)' et 'Minghui 63 (MH63)
Stratégie de séquençage
Ngs lit + Hifi lit + CLR lit + bionano + hi-c
Données:
ZS97: 8,34 Go （~ 23X） LICES HIFI + 48,39 Go (~ 131x) CLR LEAS + 25 Go (~ 69x) NGS + 2 BIONANO IRYS Cellules
MH63: 37,88 Go (~ 103x) Hifi Reads + 48,97 Go (~ 132x) CLR Lects + 28 Go (~ 76x) NGS + 2 BIONANO IRYS Cellules
Figure 1 Deux génomes sans espace de riz (MH63 et ZS97)
2ndGénome de la banane2
Titre: Télomère à télomère Chromosomes sans espace de la banane à l'aide du séquençage de nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Heure publié: 17 avril 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, France
Matériels
Double haploïdeMusa Acuminatasppmalaccensis(Dh-pahang)
Stratégie et données de séquençage:
Hiseq2500 PE250 Mode + Minion / Prométhion (93 Go, ~ 200x) + carte optique (DLE-1 + BSPQ1)
Tableau 1 Comparaison des assemblages du génome Musa Acuminata (DH-Pahang)
Figure 2 Comparaison de l'architecture des génomes Musa
3rdGénome de phaeodactylum tricornutum3
Titre: Assemblage du génome télomère-télomère deP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Temps publié: 04 mai 2021
Institut: Western University, Canada
Matériels
Phaeodactylum tricornutum(Collection de culture d'algues et de protozoa CCAP 1055/1)
Stratégie et données de séquençage:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 End-End-Output Nextseq 550 Run
Figure 3 Flux de travail pour l'assemblage du génome télomère-télomère
4thGénome de CHM13 humain4
Titre: La séquence complète d'un génome humain
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Temps publié: 27 mai 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), États-Unis
Matériaux: Ligne cellulaire CHM13
Stratégie et données de séquençage:
Séquençage de consensus circulaire 30 × PACBIO (HIFI), séquençage de lecture ultra-long de 120 × Nanopore Oxford, séquençage sans PCR illumina (ILMN), 70 × Maps optiques Illumina / Arima Genomic et Strand-seq
Tableau 2 Comparaison des assemblages du génome humain GRCH38 et T2T-CHM13
Référence
1.Sergey Nurk et al. La séquence complète d'un génome humain. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Les chromosomes de télomère à télomère de la banane en utilisant le séquençage des nanopores. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Assemblage du génome télomère-télomère de Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. L'assemblage et la validation de deux génomes de référence sans espace pour le riz Xian / Indica révèlent des informations sur l'architecture des centromères végétales. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Heure du poste: Jan-06-2022