Transcriptome complet de nanopore

Le séquençage du transcriptome de nanopore est une méthode puissante pour séquencer des ADNc de pleine longueur, identifiant et quantification avec précision des isoformes de transcription. Le pipeline de transcriptome complet de BMKCloud Nanopore est conçu pour analyser les données RNA-SEQ générées sur la plate-forme Nanopore par rapport à un génome de référence bien ananté de haute qualité, fournissant une analyse qualitative et quantitative au niveau du gène et de la transcription. Après contrôle de qualité, des séquences non chémériques (FLNC) pleine longueur sont obtenues et les séquences consensuelles sont cartographiées au génome de référence pour éliminer les transcrits redondants. À partir de cet ensemble de transcription, l'expression est quantifiée et les gènes et les transcrits exprimés différentiellement sont identifiés et annotés fonctionnellement. Le pipeline comprend également une analyse alternative de polyadénylation (APA), une analyse d'épissage alternative, une analyse de répétition de séquence simple (SSR), une prédiction de l'ARNNc et des cibles correspondantes, la prédiction des séquences codantes (CDS), l'analyse de la famille des gènes, l'analyse factorielle de transcription, la prédiction de nouveaux gènes et l'annotation fonctionnelle des transcriptions.