Séq. ARNm (NGS) – De novo

Le séquençage de l’ARNm permet le profilage de tous les transcrits d’ARNm dans les cellules dans des conditions spécifiques et constitue une technologie largement utilisée dans divers domaines de recherche. Le pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq est conçu pour analyser les bibliothèques de séquençage enrichies en poly-A lorsqu'aucun génome de référence n'est disponible. Le pipeline commence par le contrôle qualité, suivi dede novoassemblage de transcriptions et sélection d’ensembles unigènes. L'analyse de la structure unigène prédit la séquence codante (CDS) et les répétitions de séquences simples (SSR). Par la suite, l’analyse de l’expression différentielle trouve des gènes différentiellement exprimés (DEG) parmi les conditions testées, suivie d’une annotation fonctionnelle et d’un enrichissement des DEG pour extraire des informations biologiques.