LNCRNA

Les ARN non codants longs (LNCRNA) sont des ARN supérieurs à 200 nucléotides avec un faible potentiel de codage mais avec des fonctions de régulation critiques. Le pipeline LNCRNA BMKCloud est conçu pour analyser les bibliothèques appauvries par l'ARNr avec un génome de référence bien annoté de haute qualité, en analysant ensemble l'expression du LNCRNA et de l'ARNm. Après la coupe de lecture et le contrôle de la qualité, les lectures sont alignées sur le génome de référence pour assembler les transcriptions, et l'analyse de la structure des gènes ultérieure révèle un épissage alternatif et de nouveaux gènes. Les transcrits sont identifiés comme ARNm ou ARNnc, et l'analyse de l'expression différentielle identifie les ARNnc exprimés différentiellement, leurs cibles et leurs gènes exprimés différentiellement (DEG). Les deux degs et les cibles LNCRNA exprimés différentiellement sont fonctionnellement annotés pour trouver des catégories fonctionnelles enrichies.