Interaction chromatine basée sur Hi-C
Fonctionnalités de service
● Séquençage sur Illumina Novaseq avec PE150.
● Le service nécessite des échantillons de tissus, au lieu des acides nucléiques extraits, pour rétiser le formaldéhyde et conserver les interactions ADN-protéine.
● L'expérience HI-C implique la restriction et la réparation finale des extrémités collantes par la biotine, suivie d'une circularisation des extrémités émoussées résultantes tout en préservant les interactions. L'ADN est ensuite abaissé avec des billes de streptavidine et purifié pour la préparation des bibliothèques ultérieures.
Avantages de service
●Conception optimale des enzymes de restriction: Pour assurer une efficacité HI-C élevée sur différentes espèces avec jusqu'à 93% de paires d'interaction valides.
●Expertise approfondie et dossiers de publication:BMKGene possède une vaste expérience avec> 2000 projets de séquençage Hi-C de 800 espèces différentes et divers brevets. Plus de 100 cas publiés avec un facteur d'impact accumulatif de plus de 900.
●Équipe de bioinformatique hautement qualifiée:avec des brevets internes et des droits d'auteur de logiciels pour les expériences Hi-C et l'analyse des données et un logiciel de données de visualisation auto-développé.
●Support post-vente:Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.
●Annotation complète: Nous utilisons plusieurs bases de données pour annoter fonctionnellement les gènes avec des variations identifiées et effectuer l'analyse d'enrichissement correspondante, fournissant des informations sur plusieurs projets de recherche.
Spécifications de service
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Sortie de données recommandée | Résolution du signal HI-C |
| Bibliothèque Hi-C | Illumina PE150 | Boucle de chromatine: 150x Un peu: 50x | Boucle de chromatine: 10KB Un peu: 40KB |
Exigences de service
| Type d'échantillon | Montant requis |
| Tissu animal | ≥ 2g |
| Sang total | ≥2 ml |
| Champignons | ≥1g |
| Tissu végétal | 1g / aliquote, 2-4 aliquotes recommandés |
| Cellules cultivées | ≥1x107 |
Comprend l'analyse suivante:
● Données brutes QC;
● Mappage et bibliothèque HI-C QC: Paires d'interaction valides et exposants de désinteraction (IDE);
● Profil d'interaction à l'échelle du génome: analyse CIS / trans et carte d'interaction HI-C;
● Analyse de la distribution du compartiment A / B;
● Identification des TAD et des boucles de chromatine;
● Analyse différentielle sur les éléments de structure de la chromatine 3D entre les échantillons et l'annotation fonctionnelle correspondante des gènes associés.
CIS et distribution des proportions trans
Carte thermique des interactions chromosomiques entre les échantillons
Distribution à l'échelle du génome des compartiments A / B
Distribution à l'échelle du génome des boucles de chromatine
Visualisation des TAD
Explorez les progrès de la recherche facilités par les services de séquençage Hi-C de BMKGene grâce à une collection organisée de publications.
Meng, T. et al. (2021) «Une analyse multi-omiques intégrée comparative identifie le CA2 comme une nouvelle cible pour le chordome»,Neuro-oncologie, 23 (10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093 / neuonc / noab156.
Xu, L. et al. (2021) «La désorganisation 3D et le réarrangement du génome fournissent un aperçu de la pathogenèse du NAFLD par le séquençage intégré Hi-C, Nanopore et ARN»,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016 / j.apsb.2021.03.022.
