Analyse de l'ARNm eucaryote (options de référence et de novo disponibles)
Ce pipeline utilise les données RNA-Seq NGS comme entrée et produit des résultats à partir de plusieurs analyses en aval, y compris mais sans s'y limiter: le séquençage de l'évaluation de la qualité des données,de novoAnnotation du site de transcription, analyse d'épissage variable, analyse de l'expression différentielle, annotation de la fonction et analyse d'enrichissement.
Une longue analyse d'ARN non codante
Les ARN non codants longs (LNCRNA) sont des transcrits non codants avec des longueurs supérieures à 200 nt et connus pour jouer un rôle dans l'organisation et la régulation de la chromatine. Les technologies de séquençage à haut débit et les bioinformatiques ont permis à notre compréhension des séquences d'ARNNc et des informations de positionnement pour identifier les ARNnc avec des fonctions de régulation cruciales. Ce pipeline fournit une analyse du LNCRNA en plus des analyses mentionnées dans le pipeline d'analyse de l'ARNm eucaryote.
16S / 18S / son séquençage d'amplicon
Le pipeline d'analyse de la diversité microbienne du séquençage d'amplicon a été développé sur la base d'années d'expérience dans l'analyse des projets de diversité microbienne. Le pipeline contient une analyse de base standardisée, qui couvre le contenu de l'analyse grand public de la recherche microbienne actuelle et de l'analyse personnalisée. Le rapport d'analyse est riche et complet, avec la possibilité d'effectuer une analyse personnelle diversifiée. De plus, les échantillons et les groupes peuvent être modifiés à la volée pour une personnalisation et un contrôle supplémentaires.
Analyse de la métagénomique du fusil de chasse
Le pipeline d'analyse métagénomique du fusil de chasse utilise des données NGS à partir de matériaux génomiques mixtes extraits d'échantillons environnementaux. Les analyses incluses fournissent des informations détaillées sur la diversité et l'abondance des espèces, la structure de la population, la relation phylogénétique, les gènes fonctionnels et les réseaux de corrélation avec les facteurs environnementaux.
Analyse des variantes NGS-WGS
L'analyse des variantes NGS-WGS est un pipeline de détection de variantes intégré qui effectue un contrôle de la qualité des données, un alignement des séquences, une annotation et une analyse de mutation des gènes. Le pipeline suit les meilleures pratiques de GATK pour la détection SNP et INDEL et utilise Manta pour les appels de variantes structurelles.
Étude de l'association à l'échelle du génome (GWAS)
Le pipeline GWAS est une analyse en aval qui prend des fichiers VCF générés précédemment et des données de phénotype correspondantes pour une cohorte d'individus en entrée. En utilisant des méthodologies statistiques spécifiques, GWAS vise à découvrir les variations des nucléotides à l'échelle du génome corrélées avec les différences phénotypiques. Il joue un rôle crucial dans l'exploration des gènes fonctionnels associés à des maladies humaines complexes et aux traits complexes chez les plantes et les animaux.
Analyse de ségrégation en vrac (BSA)
L'analyse BSA implique de mettre en commun des individus avec des traits phénotypiques extrêmes d'une population à ségrégation. En comparant les loci différentiels entre les échantillons regroupés, cette approche identifie rapidement les marqueurs moléculaires étroitement liés associés aux gènes cibles. Largement utilisé dans la cartographie génétique des plantes et des animaux, il s'agit d'un outil précieux pour la reproduction assistée par des marqueurs.
Analyse de la génétique évolutive
Le flux de travail de l'analyse de génétique évolutive exploite la vaste expérience de BMKGene dans les projets d'évolution génétique et comprend la construction d'arbres phylogénétiques, l'analyse du déséquilibre de liaison, l'évaluation de la diversité génétique, l'identification sélective du balayage, l'analyse de la parenté, l'analyse des composants principaux et la caractérisation de la structure de la population.
