Génétique évolutive
Avantages des services
Takagi et coll.,Le journal des plantes, 2013
●Analyse bioinformatique complète :permettre l'estimation de la diversité génétique, qui reflète le potentiel évolutif des espèces, et révéler une relation phylogénétique fiable entre les espèces avec une influence minimisée de l'évolution convergente et de l'évolution parallèle
●Analyse personnalisée en option: comme l'estimation du temps et de la vitesse de divergence basée sur les variations au niveau des nucléotides et des acides aminés.
●Expertise approfondie et dossiers de publications: BMKGene a accumulé une expérience considérable dans des projets de génétique des populations et évolutive depuis plus de 15 ans, couvrant des milliers d'espèces, etc. et a contribué à plus de 1000 projets de haut niveau publiés dans Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Équipe bioinformatique hautement qualifiée et cycle d'analyse court: forte d'une grande expérience en analyse génomique avancée, l'équipe de BMKGene fournit des analyses complètes dans des délais rapides.
● Assistance après-vente :Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant cette période, nous proposons un suivi de projet, une assistance au dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toute question liée aux résultats.
Spécifications et exigences du service
| Type de séquençage | Échelle de population recommandée | Stratégie de séquençage | Besoins en nucléotides |
| Séquençage du génome entier | ≥ 30 individus, avec ≥ 10 individus de chaque sous-groupe
| 10x | Concentration : ≥ 1 ng/μL Montant total≥ 30ng Dégradation ou contamination limitée ou nulle |
| Fragment amplifié à locus spécifique (SLAF) | Profondeur de la balise : 10x Nombre de balises : <400 Mo : WGS est recommandé <1 Go : 100 000 balises 1 Go >2 Go : 300 000 balises Max 500 000 balises | Concentration ≥ 5 ng/µL Quantité totale ≥ 80 ng Nanogoutte OD260/280=1,6-2,5 Gel d'agarose : pas ou peu de dégradation ou de contamination
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Flux de travail des services
Conception d'expériences
Livraison d'échantillon
Construction d'une bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Le service comprend l'analyse de la structure de la population (arbre phylogénétique, PCA, tableau de stratification de la population), de la diversité de la population et de la sélection de la population (déséquilibre de liaison, sélection sélective par balayage de sites avantageux). Le service peut également inclure une analyse personnalisée (par exemple temps de divergence, flux génétique).
*Les résultats de démonstration présentés ici proviennent tous de génomes publiés avec BMKGENE
1. L'analyse de l'évolution comprend la construction d'un arbre phylogénétique, de la structure de la population et d'une PCA basée sur les variations génétiques.
L'arbre phylogénétique représente les relations taxonomiques et évolutives entre les espèces ayant un ancêtre commun.
PCA vise à visualiser la proximité entre les sous-populations.
La structure de la population montre la présence de sous-populations génétiquement distinctes en termes de fréquences alléliques.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2. Balayage sélectif
Le balayage sélectif fait référence à un processus par lequel un site avantageux est sélectionné et les fréquences des sites neutres liés sont augmentées et celles des sites non liés sont diminuées, ce qui entraîne une réduction du niveau régional.
La détection à l'échelle du génome sur les régions de balayage sélectif est traitée en calculant l'indice génétique de la population (π, Fst, D de Tajima) de tous les SNP dans une fenêtre glissante (100 Ko) à une certaine étape (10 Ko).
Diversité nucléotidique (π）
Le D de Tajima
Indice de fixation (Fst)
Wu, et. al.,Plante moléculaire, 2018
3. Flux génétique
Wu, et. al.,Plante moléculaire, 2018
4.Histoire démographique
Zhang, et. al.,Nature Ecologie&Evolution, 2021
5. Temps de divergence
Zhang, et. al.,Nature Ecologie&Evolution, 2021
Explorez les progrès facilités par les services de génétique évolutive de BMKGene à travers une collection de publications organisée :
Hassanyar, AK et al. (2023) « Découverte de marqueurs moléculaires SNP et de gènes candidats associés à la résistance au virus du couvain sacré chez les larves d'Apis cerana cerana par reséquençage du génome entier »,Revue internationale des sciences moléculaires, 24(7). est ce que je: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et coll. (2022) « La découverte d'une salamandre géante chinoise sauvage et génétiquement pure crée de nouvelles opportunités de conservation »,Recherche Zoologique, 2022, Vol. 43, numéro 3, pages : 469-480, 43(3), pp. est ce que je: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et coll. (2022) « Modèle phylogéographique et histoire de l'évolution de la population de l'Elymus sibiricus L. autochtone sur le plateau Qinghai-Tibétain »,Frontières de la science végétale, 13, p. 882601. est ce que je : 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) « Aperçus génomiques de l'évolution des longanes à partir d'un assemblage du génome au niveau des chromosomes et de la génomique des populations des accessions de longanes »,Recherche horticole, 9. est ce que je : 10.1093/HR/UHAC021.
