Séquençage d'ARNm complet -pacbio
Caractéristiques
● Synthèse d'ADNc de l'ARNm de Poly-A suivi de la préparation de la bibliothèque
● Séquençage en mode CCS, générant des lectures de hifi
● Séquençage des transcriptions complètes
● L'analyse ne nécessite pas de génome de référence; Cependant, il peut être utilisé
● L'analyse bioinformatique permet l'analyse des transcrits isoformes lncRNA, fusions géniques, poly-adénylation et structure gène
Avantages de service
●Grande précision: HIFI se lit avec précision> 99,9% (Q30), comparable à NGS
● Analyse d'épissage alternative: le séquençage de l'ensemble des transcriptions permet l'identification et la caractérisation des isoformes
●Expertise approfondie: Avec une expérience de la réalisation de plus de 1100 projets de transcriptome complet PACBIO et du traitement de plus de 2300 échantillons, notre équipe apporte une richesse d'expérience à chaque projet.
●Support post-vente: Notre engagement s'étend au-delà de l'achèvement du projet avec une période de service après-vente de 3 mois. Pendant ce temps, nous offrons un suivi du projet, une assistance de dépannage et des séances de questions-réponses pour répondre à toutes les requêtes liées aux résultats.
Exemples d'exigences et de livraison
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Bibliothèque CCS ARNm enrichie en polya | Suite Pacbio II Revio Pacbio | 20/40 Go 5/10 m CCS | Q30 ≥ 85% |
Exemples d'exigences:
Nucléotides:
● Plantes:
Racine, tige ou pétale: 450 mg
Feuille ou graine: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Animal:
Cœur ou intestin: 300 mg
Viscères ou cerveau: 240 mg
Muscle: 450 mg
Os, cheveux ou peau: 1g
● Arthropodes:
Insectes: 6G
Crustacea: 300 mg
● sang total: 1 tube
● Cellules: 106 cellules
| Conc. (Ng / μl) | Quantité (μg) | Pureté | Intégrité |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260 / 280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Contamination limitée ou non protéique ou ADN montré sur le gel. | Pour les plantes: RIN ≥ 7,5; Pour les animaux: RIN ≥ 8,0; 5.0≥ 28s / 18S ≥ 1,0; Élévation limitée ou non de référence |
Livraison d'échantillon recommandée
Récipient: 2 ml de tube à centrifugeuse (le papier d'aluminium n'est pas recommandé)
Exemple d'étiquetage: groupe + réplique par exemple A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expédition:
1. Face sèche: les échantillons doivent être emballés dans des sacs et enterrés dans la glace sèche.
2. Tubes raastables: les échantillons d'ARN peuvent être séchés dans un tube de stabilisation de l'ARN (par exemple RNastable®) et expédiés à température ambiante.
Flux de travail de service
Conception d'expérience
Livraison d'échantillons
Extraction de l'ARN
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l'analyse suivante:
● Contrôle de qualité des données brutes
● Analyse alternative en polyadénylation (APA)
● Analyse des transcrits de fusion
● Analyse d'épissage alternative
● Analyse des orthologues universels à copie universelle (BUSCO)
● Nouvelle analyse de transcription: prédiction des séquences codantes (CD) et annotation fonctionnelle
● Analyse du LNCRNA: prédiction de LNCRNA et cibles
● Identification des microsatelites (SSR)
Analyse de busco
Analyse d'épissage alternative
Analyse alternative en polyadénylation (APA)
Annotation fonctionnelle de nouvelles transcriptions
Explorez les progrès animés par les services de séquençage d'ARNm complet de BMKGene dans cette publication en vedette.
Ma, Y. et al. (2023) «Analyse comparative des méthodes de séquençage de l'ARN PacBio et ONT pour l'identification du venin Nemopilema nomurai», Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016 / j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) «The Developmental Dynamics of the Populus tige Transcriptome», Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp. 206–219. doi: 10.1111 / pbi.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Changements dynamiques de la teneur en acide ascorbique pendant le développement des fruits et la maturation des actinidia latifolia (une culture de fruits riche en ascorbate) et les mécanismes moléculaires associés», International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. Doi: 10.3390 / ijms23105808 / s1.
Hua, X. et al. (2022) «Prédiction efficace des gènes de la voie biosynthétique impliqués dans les polyphyllines bioactives dans Paris Polyphylla», Communications Biology 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1–10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) «Analyse combinée de Pacbio iso-seq et illumina RNA-seq du transcriptome de Tuta Absoluta (Meyrick) et des gènes du cytochrome P450», insectes, 14 (4), p. 363. Doi: 10.3390 / insectes14040363 / s1.
Wang, Lijun et al. (2019) `` Une étude de la complexité du transcriptome à l'aide d'une analyse en temps réel de molécule unique PACBIO combinée au séquençage d'ARN illumina pour une meilleure compréhension de la biosynthèse de l'acide ricinoléique dans Ricinus Communis ', BMC Genomics, 20 (1), pp. 1–17. doi: 10.1186 / s12864-019-5832-9.
