CircARN

Les ARN circulaires (circRNA) sont des ARN non codants qui forment des structures circulaires et jouent de multiples rôles régulateurs, notamment en compétition avec les miARN pour les gènes cibles et la liaison aux protéines. Le pipeline BMKCloud circRNA est conçu pour l'analyse de bibliothèques appauvries en ARNr avec un génome de référence bien annoté et de haute qualité. L'analyse commence par le découpage des lectures et le contrôle qualité, suivis par l'alignement des lectures sur le génome de référence et la prédiction de nouveaux circARN, couplés à l'identification des circARN connus à partir de bases de données. Les cibles miARN et les hôtes circARN correspondants sont ensuite identifiés. L'analyse de l'expression différentielle révèle des circARN différentiellement exprimés, et les hôtes correspondants sont annotés fonctionnellement pour extraire des fonctions biologiques enrichies.