BMKMANU S3000_SPATIAL Transcriptome
Schéma technique de transcriptome spatial BMKMANU S3000
Caractéristiques
- Résolution: 3,5 µm
- Diamètre du point: 2,5 µm
- Nombre de taches: environ 4 millions
- 3 formats de zone de capture possibles: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ou 15 mm * 20 mm
- Chaque perle à barre à barres est chargée d'amorces composées de 4 sections:
• queue poly (dt) pour l'amorçage de l'ARNm et la synthèse d'ADNc,
• Identifiant moléculaire unique (UMI) pour corriger le biais d'amplification
• Code à barres spatial
• Séquence de liaison de l'amorce de séquençage de lecture partielle
- H&E et coloration fluorescente des sections
- Possibilité d'utiliser la technologie de segmentation cellulaire: intégration de la coloration H&E, une coloration fluorescente et un séquençage d'ARN pour déterminer les limites de chaque cellule et attribuer correctement l'expression des gènes à chaque cellule. Traitement d'analyse de profilage spatial en aval basé sur le bac cellulaire.
- Possible à réaliser une analyse de résolution à plusieurs niveaux: analyse à plusieurs niveaux flexible allant de 100UM à 3,5 um pour résoudre diverses caractéristiques tissulaires à une résolution optimale.
Avantages de BMKMANU S3000
-Doubler des points de capture à 4 millions: avec une résolution améliorée de 3,5 um, conduisant à une détection plus élevée de gènes et UMI par cellule. Il en résulte une amélioration du regroupement des cellules basée sur des profils transcriptionnels, avec des détails plus fins qui correspondent à la structure des tissus.
- Résolution sous-cellulaire:Chaque zone de capture contenait> 2 millions de taches de bar à barres spatiales avec un diamètre de 2,5 µm et un espacement de 5 µm entre les centres ponctuels, permettant une analyse du transcriptome spatial avec une résolution sous-cellulaire (5 µm).
-Analyse de résolution à plusieurs niveaux:Analyse à plusieurs niveaux flexible allant de 100 μm à 5 μm pour résoudre diverses caractéristiques tissulaires à une résolution optimale.
-Possibilité d'utiliser la technologie de segmentation des cellules «trois en une diapositive»:En combinant la coloration de fluorescence, la coloration H&E et le séquençage d'ARN sur une seule diapositive, notre algorithme d'analyse "trois en un" permet d'identifier les limites cellulaires pour la transcriptomique cellulaire ultérieure.
-Compatible avec plusieurs plates-formes de séquençage: NGS et séquençage à lecture longue disponible.
-Conception flexible de 1 à 8 zone de capture active: La taille de la zone de capture est flexible, étant possible d'utiliser 3 formats (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm et 15 mm * 20 mm)
-Service à guichet unique: intègre toute expérience et étapes basées sur les compétences, notamment la cryo-section, la coloration, l'optimisation des tissus, le codage à barres spatial, la préparation des bibliothèques, le séquençage et la bioinformatique.
-Bioinformatique complète et visualisation conviviale des résultats:Le package comprend 29 analyses et plus de 100 chiffres de haute qualité, combinés à l'utilisation de logiciels développés par inhouse pour visualiser et personnaliser le fractionnement des cellules et le regroupement ponctuel.
-Analyse et visualisation des données personnalisées: Disponible pour différentes demandes de recherche
-Équipe technique hautement qualifiée: Avec une expérience dans plus de 250 types de tissus et plus de 100 espèces, notamment l'humain, la souris, les mammifères, les poissons et les plantes.
-Mises à jour en temps réel sur le projet entier: avec un contrôle total des progrès expérimentaux.
-Analyse conjointe en option avec séquençage d'ARNm unique
Spécifications de service
| Exigences d'échantillonnage | Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées | Contrôle de qualité |
| Échantillons de cryo en octobre (Diamètre optimal: env. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blocs par échantillon 1 pour l'expérience, 1 pour la sauvegarde | Bibliothèque d'ADNc S3000 | Illumina PE150 | 160k PE Reads pour 10000 (250 Go) | Rin> 7 |
Pour plus de détails sur les guidages de préparation des échantillons et le flux de travail de service, n'hésitez pas à parler à unExpert BMKGene
Flux de travail de service
Dans la phase de préparation de l'échantillon, un essai d'extraction d'ARN en vrac initial est effectué pour garantir un ARN de haute qualité peut être obtenu. Au stade d'optimisation des tissus, les sections sont colorées et visualisées et les conditions de perméabilisation pour la libération d'ARNm à partir de tissus sont optimisées. Le protocole optimisé est ensuite appliqué lors de la construction de la bibliothèque, suivi du séquençage et de l'analyse des données.
Le flux de travail de service complet implique des mises à jour en temps réel et des confirmations du client pour maintenir une boucle de rétroaction réactive, assurant une exécution en douceur du projet.
Les données générées par BMKMANU S3000 sont analysées à l'aide du logiciel «BSTMatrix», qui est conçu indépendamment par BMKGene, générant un niveau de cellule et une matrice d'expression génique de résolution à plusieurs niveaux. À partir de là, un rapport standard est généré qui comprend le contrôle de la qualité des données, l'analyse de l'échantillon intérieur et l'analyse inter-groupes.
- Contrôle de la qualité des données:
- Sortie de données et distribution de score de qualité
- Détection de gènes par place
- Couverture tissulaire
- Analyse de l'échantillon intérieur:
- richesse de gènes
- regroupement ponctuel, y compris une analyse de dimension réduite
- Analyse de l'expression différentielle entre les grappes: identification des gènes marqueurs
- Annotation fonctionnelle et enrichissement des gènes marqueurs
- Analyse inter-groupes
- Re-combinaison des taches des deux échantillons (par exemple, malades et contrôle) et re-cluster
- Identification des gènes marqueurs pour chaque cluster
- Annotation fonctionnelle et enrichissement des gènes marqueurs
- Expression différentielle du même groupe entre les groupes
De plus, le BMKGene développé «BSTViewer» est un outil convivial qui permet à l'utilisateur de visualiser l'expression des gènes et le clustering ponctuel à différentes résolutions.
BMKGene propose des services de profilage spatial à une résolution précise unique (basée sur le bac cellulaire ou le bac carré à plusieurs niveaux de 100UM à 3,5UM).
Les données de profilage spatial des sections de tissu sur la diapositive S3000 ont bien fonctionné comme ci-dessous.
Étude de cas 1: cerveau de souris
L'analyse d'une section de cerveau de souris avec S3000 a entraîné l'identification de ~ 94 000 cellules, avec un séquençage médian de ~ 2000 gènes par cellule. La résolution améliorée de 3,5 UM a entraîné un regroupement très détaillé des cellules basées sur des modèles transcriptionnels, les grappes de cellules imitant les structures différenciées du cerveau. Ceci est facilement observé en visualisant la distribution des cellules regroupées sous forme d'oligodendrocytes et de cellules de microglie, qui sont presque exclusivement situées dans la matière grise et blanche, respectivement.
Étude de cas 2: embryon de souris
L'analyse d'une section d'embryons de souris avec S3000 a entraîné l'identification de ~ 2200 000 cellules, avec un séquençage médian de ~ 1600 gènes par cellule. La résolution améliorée de 3,5 UM a entraîné un regroupement très détaillé des cellules sur la base de modèles de transcription, avec 12 grappes dans la zone de l'œil et 28 grappes dans la zone du cerveau.
Clustering de cellules d'analyse de l'échantillon intérieur:
Identification des gènes marqueurs et distribution spatiale:
- Résolution sous-cellulaire plus élevée: par rapport à la diapositive S1000, chaque zone de capture de S3000 contenait> 4 millions de taches de codes à barres spatiales avec un diamètre de 2,5 µm et une distance de 3,5 µm entre les centres de ponctes, permettant une analyse du transcriptome spatial avec une résolution subcellulaire plus élevée avec une résolution subcellulaire plus élevée (poubelle carrée: 3,5 µm).
- Efficacité de capture plus élevée: par rapport à la diapositive S1000, la médiane_umi passe de 30% à 70%, Median_gene augmente de 30% à 60%
Schéma de puce S1000:
Schéma de la puce S3000:
