Séquençage d'amplicon (16S / 18S / IT)

Le séquençage d'amplicon (16S / 18S / ITS) avec Illumina est une méthode d'analyse de la diversité microbienne en identifiant les profils microbiens en fonction de leurs séquences, puis en essayant de déchiffrer la richesse et la diversité de la communauté au sein de chaque échantillon et entre les échantillons. Le pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permet l'analyse des gènes fonctionnels 16S, 18S, ITS et multiples. Il commence par la coupe de lecture, l'assemblage de lecture par paire et l'évaluation de la qualité, suivi d'un regroupement de lectures similaires pour générer des unités taxonomiques opérationnelles (OTU) utilisées dans six sections d'analyse différentes. L'annotation taxonomique fournit des informations sur l'abondance relative et la composition de chaque échantillon, tandis que les analyses de diversité alpha et bêta se concentrent respectivement sur la diversité microbienne à l'intérieur et entre les échantillons. L'analyse différentielle entre les groupes trouve des OTU qui diffèrent en utilisant à la fois des tests paramétriques et non paramétriques, tandis que l'analyse de corrélation relie ces différences aux facteurs environnementaux. Enfin, l'abondance des gènes fonctionnels est prédite en fonction de l'abondance du gène marqueur, fournissant un aperçu de la fonction et de l'écologie dans chaque échantillon.