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Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-PacBio

Les gènes d'ARNr 16S et 18S, ainsi que la région de l'espaceur transcrit interne (ITS), servent de marqueurs d'empreintes moléculaires essentiels en raison de leur combinaison de régions hautement conservées et hyper-variables, ce qui en fait des outils précieux pour caractériser les organismes procaryotes et eucaryotes. L'amplification et le séquençage de ces régions offrent une approche sans isolement pour étudier la composition et la diversité microbiennes dans divers écosystèmes. Alors que le séquençage d'Illumina cible généralement de courtes régions hypervariables telles que V3-V4 de 16S et ITS1, il a été démontré qu'une annotation taxonomique supérieure est réalisable en séquençant la longueur totale de 16S, 18S et ITS. Cette approche globale aboutit à des pourcentages plus élevés de séquences classées avec précision, atteignant un niveau de résolution qui s'étend à l'identification des espèces. La plate-forme de séquençage en temps réel à molécule unique (SMRT) de PacBio se distingue en fournissant des lectures longues (HiFi) très précises qui couvrent les amplicons complets, rivalisant avec la précision du séquençage Illumina. Cette capacité permet aux chercheurs d’obtenir un avantage inégalé : une vue panoramique du paysage génétique. La couverture étendue augmente considérablement la résolution de l'annotation des espèces, en particulier au sein des communautés bactériennes ou fongiques, permettant une compréhension plus approfondie des subtilités des populations microbiennes.

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Détails des services

Bioinformatique

Résultats de la démonstration

Publications en vedette

Caractéristiques des services

● Plateforme de séquençage : PacBio Revio

● Mode séquençage : CCS (lectures HiFi)

● Amplification de la région cible suivie d'une liaison en tandem des amplicons avant la préparation de la bibliothèque de cloches HiFi SMRT

Avantages des services

●Résolution taxonomique plus élevée : Tséquençage d'amplicons courts de Han,permettant des taux de classification OTU plus élevés au niveau des espèces.

●Appel de base très précis: Séquençage en mode PacBio CCS (lectures HiFi).

●Sans isolement: Identification rapide de la composition microbienne dans les échantillons environnementaux.

●Largement applicable: Diverses études sur la communauté microbienne.

●Analyse bioinformatique complète: Le dernier package QIIME2 (aperçu quantitatif de l'écologie microbienne) avec diverses analyses en termes de base de données, annotation, OTU/ASV.

●Une expertise étendue: Avec des milliers de projets de séquençage d'amplicons menés chaque année, BMKGENE apporte plus d'une décennie d'expérience, une équipe d'analyse hautement qualifiée, un contenu complet et un excellent support après-vente.

Spécifications des services

Bibliothèque	Stratégie de séquençage	Données recommandées
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 K balises (CCS)

Exemples d'exigences

Concentration (ng/μL)	Quantité totale (µg)	Volume (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Livraison d’échantillon recommandée

Congelez les échantillons dans de l'azote liquide pendant 3 à 4 heures et conservez-les dans de l'azote liquide ou à -80 degrés pour une réservation à long terme. L’envoi d’un échantillon avec de la glace carbonique est requis.

Flux de travail des services

Livraison d'échantillon

Construction d'une bibliothèque

Séquençage

Analyse des données

Services après-vente

Précédent: Séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS-NGS

Suivant: Test de chromatine accessible à la transposase avec séquençage à haut débit (ATAC-seq)

Comprend l’analyse suivante :

●Contrôle de la qualité des données brutes

● Clustering OTU/Débruitage (ASV)

●Annotation OTU

●Analyse de la diversité alpha : plusieurs index, dont Shannon, Simpson et ACE.

●Analyse de la diversité bêta

●Analyse inter-groupes

●Analyse de corrélation : entre les facteurs environnementaux et la composition et la diversité des OUT

● Prédiction du gène fonctionnel 16S

Histogramme de distribution taxonomique

Arbre phylogénétique de répartition communautaire

Analyse de la diversité alpha : ACE

indice

Analyse de la diversité bêta : PCoA

Analyse intergroupe : ANOVA

Explorez les progrès facilités par les services de séquençage d'amplicons de BMKGene avec PacBio à travers une collection organisée de publications.

Gao, X. et Wang, H. (2023) « Analyse comparative des profils et des fonctions bactériennes du rumen lors de l'adaptation à différentes phénologies (regreen vs. Grassy) chez des moutons mérinos alpins à deux stades de croissance sur une prairie alpine », Fermentation, 9 ( 1), p. 16. est ce que je : 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et coll. (2023) « Capturer la matière noire microbienne dans les sols désertiques à l'aide de la métagénomique basée sur la culture et de l'analyse à haute résolution », npj Biofilms and Microbiomes 2023 9 : 1, 9(1), pp. est ce que je: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) « Effets des sels d'acides gras sur les caractéristiques de fermentation, la diversité bactérienne et la stabilité aérobie de l'ensilage mélangé préparé avec de la luzerne, de la paille de riz et du son de blé », Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1487. est ce que je: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et coll. (2023) « L'interaction entre les biomarqueurs du stress oxydatif et le microbiote intestinal dans les effets antioxydants des extraits de Sonchus brachyotus DC. dans Stress oxydatif intestinal induit par l'oxazolone chez le poisson zèbre adulte », Antioxydants 2023, Vol. 12, page 192, 12(1), p. 192. est ce que je : 10.3390/ANTIOX12010192.