16S / 18S / son séquençage Amplicon-NGS
Fonctionnalités de service
● Plateforme de séquençage: Illumina Novaseq.
● Amplification des régions courtes de 16S, 18S et ITS, entre autres cibles d'amplification.
● Choix flexibles d'amplicon.
● Expérience de projet précédente avec plusieurs objectifs d'amplification.
Avantages de service
●Sans isolement:Identification rapide de la composition microbienne dans les échantillons environnementaux.
●Haute résolution: Dans des composants à faible abondance dans les échantillons environnementaux.
●Largement applicable: Diverses études communautaires microbiennes.
●Analyse bioinformatique complète: Le dernier package QIIME2 (aperçu quantitatif de l'écologie microbienne) avec diverses analyses en termes de base de données, annotation, OTU / ASV.
●Expertise approfondie: Avec 150 000 projets de séquençage d'amplicon réalisés chaque année, BMKGene apporte plus d'une décennie d'expérience, d'une équipe d'analyse hautement qualifiée, d'un contenu complet et d'un excellent support post-vente.
Spécifications de service
| Bibliothèque | Stratégie de séquençage | Données recommandées |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tags 50/100/300K (paires de lecture) |
Exigences de service
| Concentration (ng / µl) | Montant total (NG) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Sol / boues: 1-2g
● Contenu intestinal-animal: 0,5-2g
● Intestinal contenu-insecte: 0,1-0,25g
● Surface de l'usine (sédiments enrichis): 0,1-0,5 g
● Sédiment enrichi du bouillon de fermentation): 0,1-0,5 g
● Fecrés (grands animaux): 0,5-2g
● Fecches (souris): 3-5grains
● Fluide de lavage alvéolaire pulmonaire: papier filtre
● Écouvillon vaginal: 5-6 écouvillons
● Skin / Écouvrant / salive / tissus mous oraux / écouvillon pharyngé / écouvillonnage rectal: 2-3 écouvillons
● Micro-organismes de surface: papier filtre
● Codèle d'eau / air / biofilm: papier filtre
● Endophytes: 1-2g
● Plaque dentaire: 0,5-1g
Flux de travail de service
Livraison d'échantillons
Construction de la bibliothèque
Séquençage
Analyse des données
Services après-vente
Comprend l'analyse suivante:
- Contrôle de qualité des données brutes
- Clustering / de-noise OTU (ASV)
- Annotation OTU
- Analyse de la diversité alpha: index multiples, notamment Shannon, Simpson et Ace.
- Analyse de la diversité bêta
- Analyse inter-groupe
- Analyse de corrélation: entre les facteurs environnementaux et la composition et la diversité
- Prédiction des gènes fonctionnels 16S
Histogramme de la distribution taxonomique
Carte de chaleur de regroupement de l'abondance taxonomique
Analyse de la diversité alpha: courbe de raréfaction
Analyse de la diversité bêta: NMDS
Analyse intergroupes: découverte de biomarqueur de Lefse
Explorez les progrès facilités par les services de séquençage Amplicon de BMKGene avec Illumina grâce à une collection organisée de publications.
Dong, C. et al. (2022) 'Assemblage, microbiote central et fonction du sol et du microbiote d'écorce de la rhizosphère dans Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. Doi: 10.3389 / fmicb.2022.855317 / complet.
Li, Y. et al. (2023) «Transplantation de consortiums bactériens synthétiques pour le traitement de la vaginose bactérienne induite par Gardnerella vaginalis chez la souris», microbiome, 11 (1), pp. 1–14. doi: 10.1186 / s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. et Liu, H. (2022) 'Microbiomes de poussière d'air recueillis lors de l'expérience de survie biorégénérative fermée au sol «Palais lunaire 365»', Environmental Microbiomes, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186 / s40793-022-00399-0 / Figures / 8.
Yin, S. et al. (2022) «Abondance dépendante des alidents de gènes fonctionnels liés à la perte d'azote contrôlée par la transformation de l'azote dans le compostage», Bioresource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016 / j.biortech.2022.127678.
