Koko genomin bisul -sekvensointi (WGBS)
Koko genomin bisulfiittisekvensointi (WGBS) on kultastandardimenetelmä DNA-metylaation syvällisen tutkimiseksi, erityisesti viidennen aseman sytosiinissa (5-MC), geeniekspression ja solun aktiivisuuden keskeinen säätelijä. WGB: n taustalla olevaan periaatteeseen sisältyy bisulfiittikäsittely, joka indusoi metyloimattomien sytosiinien muuntamisen urasiiliksi (C U: ksi), jättäen metyloidut sytosiinit muuttumattomaksi. Tämä tekniikka tarjoaa yhden emäksen resoluutiota, jonka avulla tutkijat voivat tutkia kattavasti metylomia ja paljastaa epänormaalit metylaatiomallit, jotka liittyvät erilaisiin tiloihin, erityisesti syöpään. Käyttämällä WGB: tä, tutkijat voivat saada vertaansa vailla olevia näkemyksiä genomin laajuisista metylaatiomaisemista tarjoamalla vivahtetun ymmärryksen epigeneettisistä mekanismeista, jotka ovat monipuolisia biologisia prosesseja ja sairauksia.
Huoltoominaisuudet
● Vaatii referenssigenomin.
● Lambda -DNA lisätään bisulfiitin muuntamisen tehokkuuden seuraamiseksi.
● Sekvensointi Illumina Novaseq.
Palvelun edut
●Kultastandardi DNA -metylaatiotutkimukselle: Tällä kypsillä metylaation muuntamistekniikalla on suuri tarkkuus ja hyvä toistettavuus.
●Laaja peitto ja yhden perusresoluutio:Metylaatiokohtien havaitseminen genomin laajuisella tasolla.
●Täydellinen alusta:Tarjoa yhden luukun erinomainen palvelu näytteenkäsittelystä, kirjastojen rakentamisesta, sekvensoinnista bioinformatiikan analyysiin.
●Laaja asiantuntemus: Kun WGBS-sekvensointiprojektit on onnistuneesti valmistunut monenlaisissa lajeissa, Bmkgene tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, korkeasti koulutetun analyysiryhmän, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
●Mahdollisuus liittyä transkriptiikanalyysiin: WGB: n integroidun analyysin salliminen muihin OMICS-tietoihin, kuten RNA-Seq.
Näytteen tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tietojen tulos | Laadunvalvonta |
| Bisulfiitti | Illumina PE150 | 30x syvyys | Q30 ≥ 85% Bisulfiittia muuntaminen> 99% |
Näytteenottovaatimukset
| Pitoisuus (ng/µl) | Kokonaismäärä (µg) | Lisävaatimukset | |
| Genominen DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Rajoitettu hajoaminen tai saastuminen |
Huoltotyövirta
Näytteenotto
DNA: n uutto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Tiedonsiirto
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raaka sekvensoinnin laadunvalvonta;
● Kartoitus referenssigenomiin;
● 5MC: n metyloitujen emäksen havaitseminen;
● metylaatiojakauman ja merkinnän analyysi;
● analyysi erilaisesti metyloituneista alueista (DMR);
● DMRS: ään liittyvien geenien toiminnallinen merkintä.
5MC: n metylaation havaitseminen: Metyloitujen kohtien tyypit
Metylaatiokartta. 5MC metylaatio genomin laajuinen jakauma
Erittäin metyloitujen alueiden merkintä
Erilaisesti metyloidut alueet: liittyvät geenit
Erilaisesti metyloidut alueet: liittyvien geenien merkintä (geenihäiriöt)
Tutustu Bmkgenen koko genomin bisulfiittisekvensointipalvelujen helpottamiin tutkimuskehityksisiin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Fan, Y. et ai. (2020) 'DNA-metylaatioprofiilien analyysi lampaan luurankojen kehityksen aikana käyttämällä koko genomin bisulfiittisekvensointia',BMC -genomiikka, 21 (1), s. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et ai. (2022) 'Uudet deoksiribonukleiinihapon metylaatiohäiriöt vinyylikloridille altistuneissa työntekijöissä',Toksikologia ja teollisuusterveys, 38 (7), sivut 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et ai. (2020) 'Genomimetylaation, ei-koodattomien RNA: ien, mRNA: ien ja metaboliittien väliset suhteet tomaatin hedelmien kypsymisessä',Plant Journal, 103 (3), s. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
