Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) on noussut kustannustehokkaaksi ja tehokkaaksi vaihtoehdoksi koko genomin bisulfiittisekvensoinnille (WGBS) DNA-metylaatiotutkimuksessa. Vaikka WGBS tarjoaa kattavia näkemyksiä tutkimalla koko genomia yhden emäksen resoluutiolla, sen korkea hinta voi olla rajoittava tekijä. RRBS lieventää strategisesti tätä haastetta analysoimalla selektiivisesti edustavaa osaa genomista. Tämä metodologia perustuu CpG-saaririkkaiden alueiden rikastamiseen MspI-katkaisulla, jota seuraa 200-500/600 bps:n fragmenttien koon valinta. Näin ollen vain CpG-saarten läheisyydessä olevat alueet sekvensoidaan, kun taas ne alueet, joissa on kaukana CpG-saarekkeita, jätetään analyysin ulkopuolelle. Tämä prosessi yhdistettynä bisulfiittisekvensointiin mahdollistaa DNA-metylaation korkearesoluutioisen havaitsemisen, ja sekvensointimenetelmä, PE150, keskittyy erityisesti inserttien päihin eikä keskelle, mikä lisää metylaatioprofiloinnin tehokkuutta. RRBS on korvaamaton työkalu, joka mahdollistaa kustannustehokkaan DNA-metylaatiotutkimuksen ja edistää epigeneettisten mekanismien tuntemusta.
Palvelun ominaisuudet
● Vaatii referenssigenomin.
● Lambda DNA:ta käytetään bisulfiitin konversiotehokkuuden seuraamiseen.
● Myös MspI:n pilkkoutumistehokkuutta seurataan.
● Kasvinäytteiden kaksoisentsyymidigestio.
● Sekvensointi Illumina NovaSeqissa.
Palvelun edut
●Kustannustehokas ja tehokas vaihtoehto WGBS:lle: mahdollistaa analyysin suorittamisen pienemmillä kustannuksilla ja pienemmillä näytevaatimuksilla.
●Täydellinen alusta:tarjoavat yhden luukun erinomaista palvelua näytteiden käsittelystä, kirjaston rakentamisesta ja sekvensoinnista bioinformatiikkaan.
●Laaja asiantuntemus: RRBS-sekvensointiprojektit on saatu menestyksekkäästi päätökseen useissa eri lajeissa, joten BMKGENE tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, erittäin ammattitaitoisen analyysitiimin, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
Palvelun tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tiedonanto | Laadunvalvonta |
| MspI-digestoitu ja bisulfiittikäsitelty kirjasto | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85 % Bisulfiittikonversio > 99 % MspI leikkausteho > 95 % |
Esimerkkivaatimukset
| Pitoisuus (ng/µL) | Kokonaismäärä (µg) |
| |
| Genominen DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Rajoitettu hajoaminen tai saastuminen |
Palvelun työnkulku
Näytteen toimitus
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raaka-sekvenssin laadunvalvonta;
● Kartoitus referenssigenomiin;
● 5mC metyloituneiden emästen havaitseminen ja motiivien tunnistaminen;
● Metylaatiojakauman analyysi ja näytteiden vertailu;
● Differentiaalisesti metyloitujen alueiden (DMR) analyysi;
● DMR:iin liittyvien geenien toiminnallinen merkintä.
Laadunvalvonta: ruoansulatustehokkuus (genomikartoituksessa)
Laadunvalvonta: bisulfiittikonversio (metylaatiotietojen uutossa)
Metylaatiokartta: 5mC metylaatiogenomin laajuinen jakautuminen
Esimerkkivertailu: Pääkomponenttianalyysi
Differentiaalisesti metyloitujen alueiden (DMR) analyysi: lämpökartta
Tutustu BMKGenen koko genomin bisulfiittisekvensointipalvelujen edistämiin tutkimukseen kuroidun julkaisukokoelman kautta.
Li, Z. et ai. (2022) "High-fidelity uudelleenohjelmointi Leydig-kaltaisiin soluihin CRISPR-aktivoinnin ja parakriinisten tekijöiden avulla",PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et ai. (2023) "Genominlaajuinen DNA-metylaatioanalyysi kehon koostumuksesta kiinalaisissa monotsygoottisissa kaksosissa",European Journal of Clinical Investigation, 53(11), s. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et ai. (2022) "DNA:n metylaatio ja vyötärön ja lonkan välinen suhde: epigenomin laajuinen assosiaatiotutkimus kiinalaisilla monotsygoottisilla kaksosilla",Journal of Endokrinological Investigation, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
