-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Spatiaalinen transkriptomiikka on tieteellisen innovaation eturintamassa, ja se antaa tutkijoille mahdollisuuden syventyä monimutkaisiin geenien ilmentymismalleihin kudoksissa säilyttäen samalla niiden avaruudellisen kontekstin. BMKGene on kehittänyt useille eri alustoille BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip -sirun, jonka resoluutio on parannettu 3,5 µm, joka saavuttaa solunvälisen alueen ja mahdollistaa monitasoiset resoluutioasetukset. S3000-siru, jossa on noin 4 miljoonaa täplää, käyttää mikrokuoppia, jotka on kerrostettu helmillä, jotka on ladattu spatiaalisesti viivakoodatuilla sieppausantureilla. cDNA-kirjasto, joka on rikastettu spatiaalisilla viivakoodeilla, valmistetaan S3000-sirusta ja sekvensoidaan sen jälkeen Illumina NovaSeq -alustalla. Tilallisesti viivakoodattujen näytteiden ja UMI:iden yhdistelmä varmistaa tuotettujen tietojen tarkkuuden ja tarkkuuden. BMKManu S3000 -siru on erittäin monipuolinen ja tarjoaa monitasoisia resoluutioasetuksia, jotka voidaan hienosäätää eri kudoksille ja halutuille yksityiskohdille. Tämä mukautumiskyky asettaa sirun erinomaiseksi valinnaksi erilaisiin spatiaalisen transkriptomiikan tutkimuksiin, mikä varmistaa tarkan spatiaalisen klusteroinnin minimaalisella kohinalla. Solusegmentointiteknologian käyttö BMKManu S3000:n kanssa mahdollistaa transkriptiotietojen rajaamisen solujen rajoihin, jolloin tuloksena on suora biologinen merkitys. Lisäksi S3000:n parannettu resoluutio johtaa korkeampaan määrään geenejä ja UMI:ita, jotka havaitaan solua kohden, mikä mahdollistaa paljon tarkemman analyysin spatiaalisista transkriptiokuvioista ja solujen klusteroinnista.
-
Yksiytiminen RNA-sekvensointi
Yksisoluisen sieppauksen ja mukautetun kirjaston rakennustekniikoiden kehittäminen yhdistettynä korkean suorituskyvyn sekvensointiin on mullistanut geenien ilmentymistutkimukset solutasolla. Tämä läpimurto mahdollistaa syvemmän ja kattavamman analyysin monimutkaisista solupopulaatioista, voittamalla rajoitukset, jotka liittyvät geenin ilmentymisen keskiarvoon kaikissa soluissa ja säilyttäen näiden populaatioiden todellisen heterogeenisyyden. Vaikka yksisoluisella RNA-sekvensoinnilla (scRNA-seq) on kiistattomia etuja, se kohtaa haasteita tietyissä kudoksissa, joissa yksisolususpension luominen osoittautuu vaikeaksi ja vaatii tuoreita näytteitä. BMKGene ratkaisee tämän esteen tarjoamalla yhden ytimen RNA-sekvensointia (snRNA-seq) käyttämällä uusinta 10X Genomics Chromium -tekniikkaa. Tämä lähestymistapa laajentaa näytteiden kirjoa, jotka soveltuvat transkriptioanalyysiin yksisolutasolla.
Ytimet eristetään innovatiivisen 10X Genomics Chromium -sirun avulla, jossa on kahdeksan kanavainen mikrofluidiikkajärjestelmä, jossa on kaksinkertainen risteys. Tässä järjestelmässä geelihelmet, jotka sisältävät viivakoodeja, alukkeita, entsyymejä ja yhden ytimen, kapseloidaan nanolitran kokoisiin öljypisaroihin, jolloin muodostuu GEM (Gel Bead-in-Emulsion) -emulsio. GEM-muodostuksen jälkeen solulyysi ja viivakoodin vapautuminen tapahtuu kussakin GEM:ssä. Tämän jälkeen mRNA-molekyylit läpikäyvät käänteisen transkription cDNA:iksi, jotka sisältävät 10X viivakoodeja ja ainutlaatuisia molekyylitunnisteita (UMI:t). Näille cDNA:ille tehdään sitten standardi sekvensointikirjaston rakentaminen, mikä helpottaa geenien ilmentymisprofiilien vankkaa ja kattavaa tutkimista yksisolutasolla.
Alusta: 10× Genomics Chromium ja Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatiaalinen transkriptomiikka on huipputeknologiaa, jonka avulla tutkijat voivat tutkia geenien ilmentymismalleja kudoksissa säilyttäen samalla niiden avaruudellisen kontekstin. Yksi tehokas alusta tällä alalla on 10x Genomics Visium yhdistettynä Illumina-sekvensointiin. 10X Visiumin periaate perustuu erikoissiruun, jossa on määritetty sieppausalue, johon kudosleikkeitä sijoitetaan. Tämä sieppausalue sisältää viivakoodipisteitä, joista jokainen vastaa ainutlaatuista spatiaalista sijaintia kudoksessa. Kudosta siepatut RNA-molekyylit leimataan sitten ainutlaatuisilla molekyylitunnisteilla (UMI:t) käänteistranskriptioprosessin aikana. Nämä viivakoodipisteet ja UMI:t mahdollistavat tarkan spatiaalisen kartoituksen ja geeniekspression kvantifioinnin yhden solun resoluutiolla. Tilallisesti viivakoodattujen näytteiden ja UMI:iden yhdistelmä varmistaa tuotettujen tietojen tarkkuuden ja tarkkuuden. Käyttämällä tätä Spatial Transcriptomics -tekniikkaa tutkijat voivat saada syvemmän ymmärryksen solujen tilaorganisaatiosta ja kudoksissa tapahtuvista monimutkaisista molekyylivuorovaikutuksista, mikä tarjoaa arvokasta tietoa biologisten prosessien taustalla olevista mekanismeista useilla aloilla, mukaan lukien onkologia, neurotiede, kehitysbiologia ja immunologia. ja kasvitieteelliset tutkimukset.
Alusta: 10X Genomics Visium ja Illumina NovaSeq
