-
Työkalusarjat
BMKCloud on johtava bioinformaattinen alusta, joka tarjoaa yhden luukun ratkaisun genomiohjelmille, johon tutkijat luottavat laajasti eri aloilla, mukaan lukien lääketieteen, maatalouden, ympäristön jne. BMKCloud on sitoutunut tarjoamaan integroituja, luotettavia ja tehokkaita palveluita, kuten bioinformaattisia analyysialustoja ja työkaluja. , laskentaresurssit, julkinen tietokanta, bioinformatiikan verkkokurssit jne. BMKCloudilla on useita usein käytettyjä bioinformaattisia työkaluja, kuten geenimerkintöjä, evoluution geneettisiä työkaluja, ncRNA, tietojen laadunvalvonta, kokoonpano, kohdistus, tiedon erottaminen, mutaatiot, tilastot, kuviogeneraattori, sekvenssianalyysi jne.
-
De novo -bakteerigenomikokoonpano
Tarjoamme täydellisen bakteerigenomin kokoonpanopalvelun, joka takaa 0 aukkoa. Tämä on mahdollista integroimalla pitkälukuiset sekvensointitekniikat, kuten Nanopore ja PacBio kokoonpanoon ja lyhyen lukujakson sekvensointi Illuminaan kokoonpanon validointia ja ONT-lukujen virheenkorjausta varten. Palvelumme tarjoaa täydellisen bioinformaattisen työnkulun kokoonpanosta, toiminnallisesta huomautuksesta ja edistyneestä bioinformaattisesta analyysistä, mikä täyttää tietyt tutkimustavoitteet. Palvelu mahdollistaa tarkkojen referenssigenomien kehittämisen erilaisiin geneettisiin ja genomitutkimuksiin. Lisäksi se muodostaa perustan sovelluksille, kuten kantojen optimoinnille, geenitekniikalle ja mikrobiteknologian kehitykselle, varmistaen luotettavan ja aukoton genomitiedon, joka on ratkaisevan tärkeä tieteellisen oivalluksen ja bioteknologisen innovaation edistämiselle.
-
pieni RNA
Pienet RNA:t ovat lyhyitä ei-koodaavia RNA:ita, joiden keskipituus on 18-30 nt, mukaan lukien miRNA, siRNA ja piRNA. Näiden pienten RNA:iden on raportoitu massiivisesti osallistuvan erilaisiin biologisiin prosesseihin, kuten mRNA:n hajoamiseen, translaation estoon, heterokromatiinin muodostumiseen jne. Pien-RNA:n sekvensointianalyysiä on käytetty laajalti eläinten/kasvien kehitystä, sairauksia, viruksia jne. koskevissa tutkimuksissa. Pieni RNA Sekvensointianalyysialusta koostuu vakioanalyysistä ja edistyneestä tiedon louhinnasta. RNA-seq-tietojen perusteella standardianalyysillä voidaan saavuttaa miRNA:n tunnistaminen ja ennustaminen, miRNA-kohdegeenin ennustaminen, annotaatio ja ekspressioanalyysi. Kehittynyt analyysi mahdollistaa räätälöidyn miRNA-haun ja -poiston, Venn-kaavion luomisen, miRNA- ja kohdegeeniverkoston rakentamisen.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS on koko genomin uudelleensekvensointianalyysialusta, joka on kehitetty rikkaan kokemuksen perusteella Biomarker Technologiesista. Tämä helppokäyttöinen alusta mahdollistaa integroidun analyysin työnkulun nopean lähettämisen yksinkertaisesti asettamalla muutaman perusparametrin, joka sopii sekä Illumina- että BGI-sekvensointialustalta luodulle DNA-sekvensointidatalle. Tämä alusta on otettu käyttöön korkean suorituskyvyn laskentapalvelimella, joka mahdollistaa erittäin tehokkaan data-analyysin hyvin rajoitetussa ajassa. Henkilökohtainen tiedonlouhinta on saatavilla standardianalyysin perusteella, mukaan lukien mutatoitujen geenien kysely, PCR-alukesuunnittelu jne.
-
mRNA (viite)
Transkriptomi on linkki genomisen geneettisen tiedon ja biologisen toiminnan proteomin välillä. Transkription tason säätely on tärkein ja laajimmin tutkittu organismien säätelytapa. Transkriptomin sekvensointi voi sekvensoida transkriptin milloin tahansa tai missä tahansa olosuhteissa, yhden nukleotidin tarkkuudella. Se voi dynaamisesti heijastaa geenin transkription tasoa, samanaikaisesti tunnistaa ja kvantifioida harvinaisia ja normaaleja transkriptejä ja tarjota rakenteellista tietoa näyte erityisiä transkriptioita.
Tällä hetkellä transkriptoimisekvensointitekniikkaa on käytetty laajalti agronomiassa, lääketieteessä ja muilla tutkimusaloilla, mukaan lukien eläinten ja kasvien kehityksen säätely, ympäristöön sopeutuminen, immuunivuorovaikutus, geenien lokalisointi, lajien geneettinen evoluutio sekä kasvainten ja geneettisten sairauksien havaitseminen.
-
Metagenomiikka (NGS)
Tämä analyysialusta on suunniteltu haulikkometagenomisen datan analysointiin vuosien kokemuksen perusteella. Se koostuu integroidusta työnkulusta, joka sisältää useita yleisesti tarvittavia metagenomisia analyyseja, mukaan lukien tietojenkäsittely, lajitason tutkimukset, geenifunktiotason tutkimukset, metagenomibinning jne. Lisäksi vakioanalyysityönkulussa on saatavilla räätälöityjä tiedonlouhintatyökaluja, mukaan lukien geeni- ja lajikyselyt. , parametrien asetus, henkilökohtainen kuvion luominen jne.
-
LncRNA
Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA) ovat yli 200 nt:n pituisia transkriptejä, jotka eivät pysty koodaamaan proteiineja. Kertyvä näyttö viittaa siihen, että useimmat lncRNA:t ovat erittäin todennäköisesti toimivia. Tehokkaat sekvensointitekniikat ja bioinformaattiset analysointityökalut antavat meille mahdollisuuden paljastaa lncRNA-sekvenssejä ja paikannustietoja tehokkaammin ja johtaa meidät löytämään lncRNA:ita, joilla on tärkeitä säätelytoimintoja. BMKCloud on ylpeä voidessaan tarjota asiakkaillemme lncRNA-sekvensointianalyysialustan nopean, luotettavan ja joustavan lncRNA-analyysin saavuttamiseksi.
-
GWAS
Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus (GWAS) pyrkii tunnistamaan geneettisiä variantteja (genotyyppi), jotka liittyvät tiettyihin piirteisiin (fenotyyppi). GWA-tutkimukset tutkivat geneettisiä markkereita ylittävät suuren määrän yksilöitä koko genomin ja ennustavat genotyyppi-fenotyyppi-assosiaatioita tilastollisen analyysin avulla populaatiotasolla. Koko genomin uudelleensekvensointi voi mahdollisesti löytää kaikki geneettiset variantit. Yhdistettynä fenotyyppitietoihin GWAS voidaan käsitellä fenotyyppiin liittyvien SNP:iden, QTL:iden ja ehdokasgeenien tunnistamiseksi, mikä tukee vahvasti nykyaikaista eläin-/kasvinjalostusta. SLAF on itse kehitetty yksinkertaistettu genomin sekvensointistrategia, joka löytää genominlaajuiset hajautetut markkerit, SNP. Näitä SNP:itä molekyyligeneettisinä markkereina voidaan käsitellä assosiaatiotutkimuksia varten kohdistetuilla piirteillä. Se on kustannustehokas strategia monimutkaisten piirteisiin liittyvien geneettisten muunnelmien tunnistamisessa.
-
Nanopore Täyspitkä transkriptomiikka
Monimutkaiset ja vaihtelevat vaihtoehtoiset isomuodot organismeissa ovat tärkeitä geneettisiä mekanismeja geenien ilmentymisen ja proteiinien monimuotoisuuden säätelyssä. Transkriptirakenteiden tarkka tunnistaminen on perusta geeniekspression säätelymallien syvälliselle tutkimukselle. Nanopore-sekvensointialusta on onnistuneesti tuonut transkriptiotutkimuksen isoformitasolle. Tämä analyysialusta on suunniteltu analysoimaan Nanopore-alustalla tuotettua RNA-Seq-dataa referenssigenomin perusteella, mikä mahdollistaa kvalitatiiviset ja kvantitatiiviset analyysit sekä geenitasolla että transkriptitasolla.
-
circ-RNA
Circular RNA (circRNA) on eräänlainen ei-koodaava RNA, jolla on viime aikoina havaittu olevan elintärkeä rooli säätelyverkostoissa, jotka osallistuvat kehitykseen, ympäristöresistenssiin jne. Erillään lineaarisista RNA-molekyyleistä, esim. mRNA, lncRNA, 3' ja 5' sircRNA:n päät liitetään yhteen muodostaen pyöreän rakenteen, mikä säästää ne eksonukleaasin pilkkoutumisesta ja ovat vakaampia kuin suurin osa lineaarisesta RNA:sta. CircRNA:lla on havaittu olevan erilaisia toimintoja geeniekspression säätelyssä. CircRNA voi toimia ceRNA:na, joka sitoo miRNA:ta kilpailukykyisesti, tunnetaan miRNA-sienenä. CircRNA-sekvensointianalyysialusta mahdollistaa circRNA-rakenne- ja ekspressioanalyysin, kohteen ennustamisen ja yhteisanalyysin muuntyyppisten RNA-molekyylien kanssa
-
BSA
Bulked Segregant Analysis -alusta koostuu yksivaiheisesta standardianalyysistä ja edistyneestä analyysistä mukautetuilla parametriasetuksilla. BSA on tekniikka, jota käytetään fenotyyppiin liittyvien geneettisten markkerien nopeaan tunnistamiseen. BSA:n päätyönkulku sisältää: 1. kahden yksilöryhmän valitsemisen, joilla on äärimmäisen vastakkaiset fenotyypit; 2. yhdistämällä kaikkien yksilöiden DNA, RNA tai SLAF-seq (kehittäjä Biomarker) kahden DNA-osan muodostamiseksi; 3. identifioidaan differentiaaliset sekvenssit vertailugenomia vastaan tai niiden väliltä, 4. ennustetaan ehdokasliitettyjä alueita ED- ja SNP-indeksialgoritmilla; 5. Toiminnallinen analyysi ja geenien rikastaminen ehdokasalueilla jne. Saatavilla on myös edistyneempää tiedon louhintaa, mukaan lukien geneettisten markkerien seulonta ja alukkeiden suunnittelu.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) -alusta on kehitetty vuosien kokemuksella mikrobien monimuotoisuuden projektianalyysistä, joka sisältää standardoidun perusanalyysin ja personoidun analyysin: perusanalyysi kattaa nykyisen mikrobitutkimuksen valtavirran analyysisisällön, analyysisisältö on rikas ja kattava, ja analyysitulokset esitetään projektiraporttien muodossa; Henkilökohtaisen analyysin sisältö on monipuolinen. Näytteitä voidaan valita ja parametreja voidaan asettaa joustavasti perusanalyysiraportin ja tutkimustarkoituksen mukaan yksilöllisten vaatimusten toteuttamiseksi. Windows-käyttöjärjestelmä, yksinkertainen ja nopea.
-
Evoluutiogenetiikka
Evolutionary Genetics on kattava sekvensointipalvelu, joka on suunniteltu tarjoamaan oivaltava tulkinta evoluutiosta suuressa ryhmässä yksilöitä, jotka perustuvat geneettisiin muunnelmiin, mukaan lukien SNP:t, InDels, SV ja CNV. Tämä palvelu sisältää kaikki olennaiset analyysit, joita tarvitaan selvittämään populaatioiden evoluutiomuutoksia ja geneettisiä ominaisuuksia, mukaan lukien populaatiorakenteen, geneettisen monimuotoisuuden ja fylogeneettisten suhteiden arvioinnit. Lisäksi se perehtyy geenivirtaa koskeviin tutkimuksiin, mikä mahdollistaa tehokkaan populaation koon ja poikkeamisajan arvioinnin. Evoluutiogenetiikan tutkimukset antavat arvokasta tietoa lajien alkuperästä ja sopeutumisesta.
BMKGENE tarjoaa kaksi tapaa suorittaa evoluutiogenetiikan tutkimuksia suurilla populaatioilla: käyttää koko genomin sekvensointia (WGS) tai valita supistetun esityksen genomin sekvensointimenetelmä, talon sisällä kehitetty Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Vaikka WGS sopii pienemmille genomeille, SLAF on kustannustehokas vaihtoehto tutkia suurempia populaatioita pidemmillä genomeilla, mikä minimoi tehokkaasti sekvensointikustannukset.
