Lämpökartta
Heatmap-työkalu hyväksyy matriisidatatiedoston syötteeksi ja antaa käyttäjille mahdollisuuden suodattaa, normalisoida ja klusteroida tietoja. Lämpökarttojen ensisijainen käyttötapa on geeniekspressiotason klusterianalyysi eri näytteiden välillä.
Gene Annotation
Gene Annotation -työkalu suorittaa geenimerkintöjä, jotka perustuvat syötettyjen FASTA-tiedostojen sekvenssien kohdistamiseen erilaisiin tietokantoihin.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
BLAST-työkalu on BMKCloudin integroitu versio NCBI BLASTista, ja sitä voidaan käyttää suorittamaan samoja toimintoja käyttämällä BMKCloud-tilille ladattuja tietoja.
CDS_UTR-ennuste
CDS_UTR-ennustetyökalu on suunniteltu ennustamaan koodaavia alueita (CDS) ja ei-koodaavia alueita (UTR) tietyissä transkriptiosekvenssissä BLAST-tulosten perusteella tunnettuja proteiinitietokantoja ja ORF-ennustustuloksia vastaan.
Manhattanin juoni
Manhattan Plot -työkalu mahdollistaa suurten näytteiden kokeiden näyttämisen, ja sitä käytetään yleisesti genominlaajuisissa assosiaatiotutkimuksissa (GWAS).
Circos-kaavio
CIRCOS Diagram -työkalu tarjoaa tehokkaan visualisoinnin siitä, kuinka genominen piirre jakautuu genomissa. Yhteisiä piirteitä ovat kvantitatiiviset lokukset, SNP:t, InDels, rakenne- ja kopiomäärämuunnelmat.
Geeniontologian (GO) rikastaminen
GO Enrichment -työkalu tarjoaa toiminnallisen rikastusanalyysin. Tämän työkalun ensisijainen ohjelmisto on TopGO-Bioconductor-paketti, joka sisältää differentiaaliekspressio-analyysin, GO-rikastusanalyysin ja tulosten visualisoinnin.
Painotettu geenikoekspressioverkkoanalyysi (WGCNA)
WGCNA on laajalti käytetty tiedon louhintamenetelmä geenien koekspressiomoduulien löytämiseen. Sitä voidaan soveltaa erilaisiin ilmentymistietoihin, mukaan lukien microarray- ja NGS-geeniekspressiotiedot.
InterProScan
InterProScan-työkalu tarjoaa InterPro-proteiinisekvenssianalyysin ja luokituksen.
GO KEGG Enrichment
GO KEGG Enrichment -työkalu on suunniteltu luomaan GO-rikastushistogrammi, KEGG-rikastushistogrammi ja KEGG-rikastusreitti toimitetun geenisarjan ja vastaavan huomautuksen perusteella.