PacBio 2+3 täyspitkä mRNA-liuos
Ominaisuudet
● Tutkimussuunnittelu:
Yhdistetty näyte sekvensoitu PacBiolla transkripti-isoformien tunnistamiseksi
Erilliset näytteet (kopiot ja testattavat olosuhteet) sekvensoidaanNGS transkription ilmentymisen kvantifiointiin
● PacBio-sekvensointi CCS-tilassa, tuottaa HiFi-lukuja
● Täyspitkien transkriptien sekvensointi
● Analyysi ei edellytä referenssigenomia; sitä voidaan kuitenkin käyttää
● Bioinformaattinen analyysi ei sisällä vain ekspressiota geeni- ja isoformitasolla, vaan myös lncRNA:n, geenifuusioiden, polyadenylaation ja geenirakenteen analyysin
Edut
● Suuri tarkkuus: HiFi lukee >99,9 %:n tarkkuudella (Q30), verrattavissa NGS:ään
● Vaihtoehtoinen liitosanalyysi: kaikkien transkriptien sekvensointi mahdollistaa isoformien tunnistamisen ja karakterisoinnin.
● PacBion ja NGS:n vahvuuksien yhdistelmä: mahdollistaa ilmentymisen kvantifioinnin isoformitasolla, paljastaen muutoksen, joka saattaa peittyä analysoitaessa koko geeniekspressiota
● Laaja asiantuntemus: Yli 1100 PacBio-täyspitkän transkriptioprojektin päätökseen saattamisella ja yli 2300 näytteen käsittelyllä tiimimme tuo mukanaan runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
● Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palveluun. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| PolyA-rikastettu mRNA CCS -kirjasto | PacBio jatko-osa II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Poly A rikastettu | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidit
|
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| Illumina kirjasto | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasveille: RIN≥4,0; Eläimet: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
| PacBio-kirjasto | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasvit: RIN≥7,5 Eläimet: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää:Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Sisältää seuraavan analyysin:
Raakatietojen laadunvalvonta
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
Fuusiotranskriptioanalyysi
Vaihtoehtoinen liitosanalyysi
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologists (BUSCO) -analyysi
Uusi transkriptianalyysi: koodaavien sekvenssien (CDS) ennustaminen ja toiminnallinen huomautus
lncRNA-analyysi: lncRNA:n ja kohteiden ennustaminen
MicroSatelite Identification (SSR)
Differentially Expressed Transcripts (DET) -analyysi
Differentiaalisesti ekspressoitujen geenien (DEG) analyysi
DEG:iden ja DET:ien toiminnallinen merkintä
BUSCO analyysi
Vaihtoehtoinen liitosanalyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
Differentiaalisesti ekspressoidut geenit (DEG) ja transkriptit (DETs9-analyysi).
DET:iden ja DEG:ien proteiini-proteiini-vuorovaikutusverkostot
Tutustu BMKGenen PacBio 2+3 -täyspitkän mRNA-sekvensoinnin edistämiin edistysaskeliin kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Chao, Q. et ai. (2019) 'Populus-varren transkriptomin kehitysdynamiikka', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et ai. (2022) "Dynaamiset muutokset askorbiinihappopitoisuudessa hedelmien kehityksen ja Actinidia latifolian (askorbaattipitoinen hedelmäsato) ja siihen liittyvien molekyylimekanismien kypsymisen aikana", International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et ai. (2022) "Paris polyphyllan bioaktiivisiin polyfylliineihin liittyvien biosynteettisten reittien geenien tehokas ennustaminen", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et ai. (2023) "Tuta absoluta (Meyrick) -transkriptomin ja sytokromi P450 -geenien yhdistetty PacBio Iso-Seq- ja Illumina RNA-Seq -analyysi", Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et ai. (2019) "Transkription monimutkaisuustutkimus käyttämällä PacBio-yksimolekyylistä reaaliaikaista analyysiä yhdistettynä Illumina RNA-sekvensointiin, jotta Ricinus communis -bakteerin risinoleiinihapon biosynteesiä voidaan ymmärtää paremmin", BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
