Ei-viitteenpohjainen mRNA-sekvensointi-NGS
Piirteet
● Poly -mRNA: n kaappaus ennen kirjaston valmistelua
● Riippumatta mistä tahansa vertailugenomista: Perustuu transkriptien de novo -kokoonpanoon, joka tuottaa luettelon unigeeneistä, jotka on merkitty useilla tietokannoilla (NR, Sveitsin-Prote, COG, KOG, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Kattava bioinformaattinen analyysi geeniekspressiosta ja transkriptiorakenteesta
Palvelun edut
●Laaja asiantuntemus: BMKGENE: n yli 600 000 näytteen käsittelystä yli 600 000 näytteestä, jotka kattavat erilaisia näytetyyppejä, kuten soluviljelmiä, kudoksia ja kehon nesteitä, tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiselle projektille. Olemme onnistuneesti sulkeneet yli 100 000 mRNA-Seq-hanketta eri tutkimusalueilla.
●Tiukka laadunvalvonta: Otamme käyttöön ydinohjauspisteitä kaikissa vaiheissa näytteen ja kirjaston valmistelusta sekvensointiin ja bioinformatiikkaan. Tämä huolellinen seuranta varmistaa jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimittamisen.
● Kattava merkintä: Käytämme useita tietokantoja merkitsemään toiminnallisesti erilaisesti ekspressoidut geenit (DEG) ja suorittaa vastaava rikastusanalyysi tarjoamalla oivalluksia transkriptomaisen vasteen taustalla olevista solu- ja molekyyliprosesseista.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden myynnin jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
Näytteen vaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tieto | Laadunvalvonta |
| Poly rikastettu | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gt | Q30 ≥85% |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
| Conc. (Ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Eheys |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rajoitettu tai ei lainkaan proteiini- tai DNA -kontaminaatiota, joka on esitetty geelissä. | Kasveille: Rin≥4,0; Eläimille: Rin≥4,5; 5,0 ≥28s/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeus |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 300 mg
Viskera tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6G
Crustacea: 300 mg
● Kokoveri: 1 putki
● Solut: 106 solut
Suositeltu näytteen toimitus
Kontti: 2 ml sentrifugiputkea (tinakalvoa ei suositella)
Näytteen merkinnät: ryhmä+replikoitu esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuiva-jää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudata kuivajää.
2.
Huoltotyövirta
Kokeen suunnittelu
Näytteenotto
RNA: n uutto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Bioinformatiikka
Transkriptokokoonpano ja yliopistovalinta
Unigene -merkintä
Näytteen korrelaatio ja biologisten kopioiden arviointi
Erilaisesti ekspressoituja geenejä (DEG)
DEGS: n toiminnallinen merkintä
DEGS: n funktionaalinen rikastuminen
Tutustu Bmkgenen eukaryoottisten NGS -mRNA -sekvensointipalvelujen helpottamiin edistyksiin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Shen, F. et ai. (2020) 'De novo -kokoonpanon kokoonpano ja sukupuoleen kohdistuva geeniekspressio Amur Catfishin (Silurus asottus) sukulaissa', Genomics, 112 (3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et ai. (2016) 'Sakkripto -analyysi sakkaroosin aineenvaihdunnasta sipulin polttimon turvotuksen ja kehityksen aikana (Allium Cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (syyskuu), s. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et ai. (2017) 'De novo -kokoonpano, karakterisointi ja merkinnät Sarcocheilichthys sinensis -sarjan transkriptille', PLOS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et ai. (2021) 'De novo -transkriptomyysianalyysi tarjoaa käsityksen Podocarpus macrofyllus -suolan sietokyvystä suolapitoisuuden stressin alla', BMC Plant Biology, 21 (1), s. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/kuviot/9.
