Nanopore-pohjainen täyspitkä transkriptiosekvenssi
Nanopore-sekvensointi erottuu muista sekvensointialustoista siinä, että nukleotidit luetaan suoraan ilman DNA-synteesiä ja se tuottaa pitkiä lukuja kymmenissä kiloemäksissä. Tämä mahdollistaa täysimittaisten transkriptien suoran lukemisen ja transkriptomisten tutkimusten haasteiden käsittelemisen.
√ Matala sekvenssispesifinen bias
√ Täyspitkä cDNA:n lukema geenirakennetutkimuksiin
√ Vähemmän dataa tarvitaan saman määrän transkriptioita varten
√ Useiden isoformien tunnistaminen geeniä kohti
√ Ekspression kvantifiointi isoformitasolla
Tyypillinen bioinformatiikkaputki
Uusimmat onnistuneet tapaukset biomarkkeritekniikoilla
1. Täyspitkien transkriptomien vertailevat analyysit paljastavat Gnetum luofuense -varren kehitysdynamiikan
Journal: Frontiers in Genetics
Julkaistu: maaliskuuta 2021
Avainsanat: MinION | Vaihtoehtoinen jatkos | APA | lncRNA | Erilailla ilmaistut transkriptit
Lue koko teksti
2. Pienten RNA:iden yksisuuntainen liike versoista juurille interspesifisissä heterografteissa
Lehti: Nature Plants
Julkaistu: tammikuuta 2021
Avainsanat: Nanopore | Illumina | täyspitkän liikkuvan mRNA:n havaitseminen
3. Parsan juurien täyspitkä transkriptioanalyysi paljastaa arbuskulaaristen mykoritsasienten aiheuttaman suolan sietokyvyn molekyylimekanismin
Lehti: Environmental and Experimental Botany
Julkaistu: tammikuuta 2021
Avainsanat: MinION | Erilailla ilmaistut transkriptit | Transkriptiotekijät | Vaihtoehtoinen liitos
4. Ruusun (Rosa chinensis) juurien ja lehtien fysiologiset luonteenomaiset muutokset ja täyspitkä transkriptio kuivuusstressin seurauksena
Lehti: Plant and Cell Physiology
Julkaistu: lokakuuta 2020
Avainsanat: PromethION | Erilailla ilmaistut transkriptit | Toiminnallinen ennuste | Silmukoidut isomuodot | TF ja lncRNA
5. Arabidopsis-transkriptomin PacBio- ja nanohuokospohjaisen RNA-sekvensoinnin analyysi ja kattava vertailu
Lehti: Plant Method
Julkaistu: huhtikuussa 2020
Avainsanat: GridION | PromethION | PacBio jatko | Illumina NovaSeq | Genomin kohdistus | Transkription tunnistus | Vaihtoehtoinen jatkos | SSR | LncRNA | Isoformin kvantifiointi
Uutisia ja kohokohtia tavoitteena on jakaa uusimmat onnistuneet tapaukset Biomarker Technologiesin kanssa, vangita uusia tieteellisiä saavutuksia sekä tutkimuksen aikana käytettyjä merkittäviä tekniikoita.
Postitusaika: 08.01.2022