Kompleksiset ja muuttuvat vaihtoehtoiset isomuodot organismeissa ovat tärkeitä geneettisiä mekanismeja geeniekspression ja proteiinien monimuotoisuuden säätelemiseksi. Transkriptiorakenteiden tarkka tunnistaminen on perusta perusteelliselle tutkimukselle geeniekspression säätelymalleista. Nanopore-sekvensointialusta on onnistuneesti tuonut transkriptillisen tutkimuksen isoformitasolle. Tämä analyysialusta on suunniteltu analysoimaan nanoporialustalla tuotettua RNA-seq-tietoja referenssigenomin pohjalla, joka saavuttaa laadulliset ja kvantitatiiviset analyysit sekä geenitasolla että transkriptilla.
