Nanopore Täyspitkä transkriptio

Nanopore-transkriptomisekvensointi on tehokas menetelmä täyspitkien cDNA:iden sekvensointiin, joka tunnistaa ja kvantifioi tarkasti transkription isoformit. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline on suunniteltu analysoimaan Nanopore-alustalla generoitua RNA-Seq-dataa korkealaatuista, hyvin merkittyä referenssigenomia vastaan, mikä tarjoaa kvalitatiivisen ja kvantitatiivisen analyysin sekä geeni- että transkriptitasolla. Laadunvalvonnan jälkeen saadaan täyspitkät ei-kimeeriset (FLNC) sekvenssit ja konsensussekvenssit kartoitetaan referenssigenomiin redundanttien transkriptien poistamiseksi. Tästä transkriptiosarjasta ekspressio kvantifioidaan ja erilaisesti ilmentyvät geenit ja transkriptit tunnistetaan ja merkitään toiminnallisesti. Putkilinja sisältää myös vaihtoehtoisen polyadenylaatioanalyysin (APA), vaihtoehtoisen silmukointianalyysin, yksinkertaisen sekvenssin toiston (SSR) analyysin, lncRNA:n ja vastaavien kohteiden ennustamisen, koodaavien sekvenssien ennustamisen (CDS), geeniperheanalyysin, transkriptiotekijäanalyysin, uusien geenien ennustamisen ja transkriptien toiminnallinen huomautus.