mRNA-seq (NGS) – De novo

mRNA-sekvensointi mahdollistaa kaikkien solujen mRNA-transkriptien profiloinnin tietyissä olosuhteissa, ja se on laajalti käytetty tekniikka useilla tutkimusalueilla. BMKCloud De novo mRNA-seq -putkilinja on suunniteltu analysoimaan poly-A-rikastettuja sekvensointikirjastoja, kun vertailugenomia ei ole saatavilla. Putkilinja alkaa laadunvalvonnalla, jota seuraade novotranskription kokoonpano ja unigene-sarjan valinta. Unigeenirakenneanalyysi ennustaa koodaavan sekvenssin (CDS) ja yksinkertaiset sekvenssitoistot (SSR). Myöhemmin differentiaaliekspressioanalyysi löytää eri tavalla ilmentyneitä geenejä (DEG:t) testattujen olosuhteiden joukosta, mitä seuraa toiminnallinen huomautus ja DEG:ien rikastaminen biologisten oivallusten poimimiseksi.