lncrna

Pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA) ovat yli 200 nukleotidin pituisia RNA:ita, joilla on alhainen koodauspotentiaali, mutta joilla on kriittisiä säätelytoimintoja. BMKCloud lncRNA -putkilinja on suunniteltu analysoimaan rRNA-vajautuneita kirjastoja korkealaatuisella, hyvin merkityllä referenssigenomilla analysoimalla lncRNA- ja mRNA-ilmentymistä yhdessä. Lukemisen leikkaamisen ja laadunvalvonnan jälkeen lukemat kohdistetaan referenssigenomiin transkriptien kokoamiseksi, ja myöhempi geenirakenneanalyysi paljastaa vaihtoehtoisia silmukointia ja uusia geenejä. Transkriptit tunnistetaan mRNA:iksi tai lncRNA:iksi, ja differentiaaliekspressio-analyysi tunnistaa differentiaalisesti ilmentyneet lncRNA:t, niiden kohteet ja differentiaalisesti ekspressoituneet geenit (DEGS). Sekä DEG:t että differentiaalisesti ekspressoituneet lncRNA-kohteet on toiminnallisesti merkitty rikastettujen toiminnallisten kategorioiden löytämiseksi.