Hi-C-pohjainen genomikokoonpano
HI-C on menetelmä, joka on suunniteltu kaappaamaan kromosomikokoonpano yhdistämällä koetuspohjaiset vuorovaikutukset ja korkean suorituskyvyn sekvensointi. Näiden vuorovaikutusten voimakkuuden uskotaan korreloivan negatiivisesti kromosomien fyysisen etäisyyden kanssa. Siksi HI-C-tietoja käytetään koottujen sekvenssien klusterointiin, tilaamiseen ja suuntautumiseen luonnosgenomissa ja ankkuroimaan ne tiettyyn määrään kromosomeja. Tämä tekniikka valmistaa kromosomitason genomikokoonpanon populaatiopohjaisen geneettisen kartan puuttuessa. Jokainen genomi tarvitsee Hi-C: n.
Huoltoominaisuudet
● Sekvensointi Illumina Novaseq: lla PE150: llä.
● Huolto vaatii kudosnäytteitä uutettujen nukleiinihappojen sijasta silloittuaan formaldehydin kanssa ja säästävät DNA-proteiini-vuorovaikutukset.
● Hi-C-koe sisältää tarttuvien päiden rajoittamisen ja päätykorjauksen biotiinilla, mitä seuraa tuloksena olevan tylsän päiden ympyröinti säilyttäen vuorovaikutukset. Sitten DNA vedetään alas streptavidiinihelmillä ja puhdistetaan seuraavaa kirjaston valmistelua varten.
Palvelun edut
Yleiskatsaus Hi-C: stä
(Lieberman-Aiden E et ai.,Tiede, 2009)
●Geneettisen väestötiedon tarve:Hi-C korvaa jatko-ankkurointiin tarvittavat olennaiset tiedot.
●Korkea merkintätiheys:johtaa korkeaan ankkurointisuhteeseen yli 90%.
●Laaja asiantuntemus- ja julkaisutiedot:BMKGENE: llä on valtava kokemus yli 2000 Hi-C-genomikokoonpanosta 1000 eri lajista ja erilaisista patenteista. Yli 200 julkaistun tapauksen keräämiskerroin on yli 2000.
●Korkeasti koulutettu bioinformatiikan joukkue:Sisäisillä patenteilla ja ohjelmistojen tekijänoikeuksilla Hi-C-kokeisiin ja tietoanalyysiin itse kehittämä visualisointitieto-ohjelmisto mahdollistaa manuaalisen lohkon liikuttamisen, kääntämisen, peruuttamisen ja uudelleenmuotoamisen.
●Mahtamisen jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
●Kattava merkintä: Käytämme useita tietokantoja funktionaalisesti määrittämään geenit tunnistetuilla variaatioilla ja suorittamaan vastaavan rikastusanalyysin tarjoamalla tietoa useista tutkimusprojekteista.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjaston valmistelu | Sekvensointistrategia | Suositeltu tietojen tulos | Laadunvalvonta |
| Hi-C-kirjasto | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Näytteenottovaatimukset
| Kudos | Vaadittu määrä |
| Eläinsisäinen | ≥ 2 g |
| Eläinlihas | |
| Nisäkkäiden veri | ≥ 2 ml |
| Siipikarjan/kalaveri | |
| Kasvi- tuore lehti | ≥ 3 g |
| Viljellyt solut | ≥ 1x107 |
| Hyönteinen | ≥ 2 g |
Huoltotyövirta
Kokeen suunnittelu
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
1) Raakadata QC
2) Hi-C-kirjasto QC: Arvio kelvollisista Hi-C-vuorovaikutuksista
3) Hi-C-kokoonpano: Jatkojen klusterointi ryhmissä, mitä seuraa kunkin ryhmän sisällä oleva tilaaminen ja jatko-suunnan osoittaminen
4) Hi-C-arviointi
Hi-C Library QC-Hi-C: n arviointi kelvollisesta vuorovaikutusparista
Hi-C-kokoonpano-tilastot
Kokoonpanon jälkeinen arvio-signaalin voimakkuuden lämpökartta astiat
Tutustu Bmkgenen Hi-C-kokoonpanopalvelujen helpottamiin edistyksiin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Tian, T. et ai. (2023) 'Genomin kokoonpano ja näkyvän kuivuudenkestävän maissin itämisplasman geneettinen leikkaus', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et ai. (2020) 'Aasian mehiläisten apis Cerana -genomin kromosomin mittakaava', Frontiers in Genetics, 11, s. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et ai. (2023) 'Tropanien alkaloidien biosynteesin paljastava evoluutio analysoimalla kahta genomia Solanaceae -perheessä', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), s. 1–18. doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
Zhang, X. et ai. (2020) 'Banyan-puun ja pölyttäjä ampiaisen genomit tarjoavat näkemyksiä Fig-Wasp-koevoluutiosta', solu, 183 (4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
