Hi-C-pohjainen kromatiinin vuorovaikutus
Huoltoominaisuudet
● Sekvensointi Illumina Novaseq: lla PE150: llä.
● Huolto vaatii kudosnäytteitä uutettujen nukleiinihappojen sijasta silloittuaan formaldehydin kanssa ja säästävät DNA-proteiini-vuorovaikutukset.
● Hi-C-koe sisältää tarttuvien päiden rajoittamisen ja päätykorjauksen biotiinilla, mitä seuraa tuloksena olevan tylsän päiden ympyröinti säilyttäen vuorovaikutukset. Sitten DNA vedetään alas streptavidiinihelmillä ja puhdistetaan seuraavaa kirjaston valmistelua varten.
Palvelun edut
●Optimaalinen rajoitusentsyymisuunnittelu: Varmistaa korkea Hi-C-hyötysuhde eri lajeilla, joiden voimassa on jopa 93%: n voimassaoloaika.
●Laaja asiantuntemus- ja julkaisutiedot:BMKGENE: llä on valtava kokemus> 2000 Hi-C-sekvensointihankkeista 800 eri lajista ja erilaisista patenteista. Yli 100 julkaistua tapausta, joiden vaikutusvaikutuskerroin on yli 900.
●Korkeasti koulutettu bioinformatiikkatiimi:Hi-C-kokeiden ja tietojen analysoinnin ja itse kehitetyn visualisointitieto-ohjelmiston sisäisten patenttien ja ohjelmistojen tekijänoikeudet.
●Mahtamisen jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
●Kattava merkintä: Käytämme useita tietokantoja funktionaalisesti määrittämään geenit tunnistetuilla variaatioilla ja suorittamaan vastaavan rikastusanalyysin tarjoamalla tietoa useista tutkimusprojekteista.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tietojen tulos | Hi-C-signaalin resoluutio |
| Hi-C-kirjasto | Illumina PE150 | Kromatiinisilmukka: 150x Tad: 50x | Kromatiinisilmukka: 10 kt Tad: 40 kt |
Palveluvaatimukset
| Näytetyyppi | Vaadittu määrä |
| Eläinkudos | ≥2 g |
| Kokoveri | ≥2ml |
| Sienet | ≥1 g |
| Kasvi- | 1 g/alikvootti, suositeltavia 2-4 alikvoottia |
| Viljellyt solut | ≥1x107 |
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakadata QC;
● Kartoitus ja HI-C-kirjasto QC: kelvollinen vuorovaikutusparit ja vuorovaikutuksen rappeutumisen eksponentit (IDE);
● Genomin laajuinen vuorovaikutusprofiili: CIS/Trans-analyysi ja HI-C-vuorovaikutuskartta;
● A/B -osaston jakauman analyysi;
● TADS- ja kromatiinilonkojen tunnistaminen;
● Erilaiset analyysit 3D -kromatiinirakenteen elementeistä näytteiden keskuudessa ja vastaavassa geenien funktionaalisessa merkinnässä.
Cis- ja trans -suhteiden jakautuminen
Kromosomaalisten vuorovaikutusten lämpökartta näytteiden välillä
A/B-osastojen genomin laajuinen jakauma
Kromatiinilonkojen genomin laajuinen jakauma
Tadien visualisointi
Tutustu Bmkgenen Hi-C-sekvensointipalvelujen helpottamiin tutkimuksen edistyksiin kuratoidun julkaisujen avulla.
Meng, T. et ai. (2021) 'Vertaileva integroitu multi-omecs-analyysi tunnistaa CA2: n uudena kohteena chordomalle',Neuro-onkologia, 23 (10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. et ai. (2021) 'Genomin 3D-hajoaminen ja uudelleenjärjestely tarjoavat näkemyksiä NAFLD: n patogeneesistä integroidulla HI-C: llä, nanoporilla ja RNA-sekvensoinnilla',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.
