Täyspitkä mRNA-sekvensointi-nanopori
Piirteet
● Poly-A-mRNA: n kaappaus, jota seuraa cDNA-synteesi ja kirjaston valmistelu
● Täysipituisten transkriptien sekvensointi
● Bioinformaattinen analyysi, joka perustuu kohdistukseen vertailugenomiin
● Bioinformaattinen analyysi sisältää paitsi ekspression geeni- ja isoformitasolla, myös lncRNA: n, geenifuusioiden, poly-adenylaation ja geenirakenteen analyysin
Palvelun edut
●Ekspression kvantifiointi isoformitasolla: Yksityiskohtaisen ja tarkan ekspressioanalyysin mahdollistaminen, paljastaminen muutos, joka voidaan peittää koko geeniekspression analysoidessa
●Vähentyneitä tietojen vaatimuksia:Verrattuna seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS), nanoporien sekvensointi osoittaa pienemmät datavaatimukset, mikä mahdollistaa geeniekspression kvantifioinnin kyllästymisen vastaavat tasot pienemmällä datalla.
●Expression kvantifioinnin suurempi tarkkuus: Sekä geenin että isoformin tasolla
●Ylimääräisen transkriptisen tiedon tunnistaminen: Vaihtoehtoinen polyadenylaatio, fuusiogeenit ja LcnRNA ja niiden kohdegeenit
●Laaja asiantuntemus: Tiimimme tuo runsaasti kokemusta jokaiselle projektille, valmistuttuaan yli 850 nanoporeen täyspitkää transkriptoprojektia ja käsitellyt yli 8000 näytettä.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden myynnin jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
Näytteen vaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tieto | Laadunvalvonta |
| Poly rikastettu | Illumina PE150 | 6/12 Gt | Keskimääräinen laatupiste: Q10 |
Näytteen vaatimukset:
Nukleotidit:
| Conc. (Ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Eheys |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rajoitettu tai ei lainkaan proteiini- tai DNA -kontaminaatiota, joka on esitetty geelissä. | Kasveille: Rin≥7,0; Eläimille: Rin≥7,5; 5,0 ≥28s/18S≥1,0; rajoitettu tai ei lainkaan lähtötason korkeus |
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suolisto: 300 mg
Viskera tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6G
Crustacea: 300 mg
● Kokoveri: 1 putki
● Solut: 106 solut
Suositeltu näytteen toimitus
Kontti: 2 ml sentrifugiputkea (tinakalvoa ei suositella)
Näytteen merkinnät: ryhmä+replikoitu esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuiva-jää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudata kuivajää.
2.
Huoltotyövirta
Nukleotidit:
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Huoltotyövirta
Kudos:
Kokeen suunnittelu
Näytteenotto
RNA: n uutto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
● Raakatietojen käsittely
● Transkription tunnistaminen
● Vaihtoehtoinen silmukointi
● ekspression kvantifiointi geenitasolla ja isoformitasolla
● Differentiaalinen ekspressioanalyysi
● Funktion merkintö ja rikastuminen (DEGS ja DETS)
Vaihtoehtoinen silmukoinanalyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
lncrna -ennuste
Uusien geenien merkintä
Dettsin klusterointi
Proteiini-proteiiniverkot DEG: ssä
Tutustu Bmkgenen nanoporin täyspitkän mRNA-sekvensointipalvelujen helpottamiin edistyksiin kuratoidun julkaisukokoelman kautta.
Gong, B. et ai. (2023) 'erityskinaasi fam20c: n epigeneettinen ja transkriptionaalinen aktivaatio gliooman onkogeenina', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), s. 422–433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Hän, Z. et ai. (2023) 'Lymfosyyttien täyspitkä transkriptomekvensointi reagoi IFN-y: hen paljastaa Th1-vinon immuunivasteen kampelassa (Paralichthys Olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. Doi: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et ai. (2023) 'PACBIO- ja ONT RNA -sekvensointimenetelmien vertaileva analyysi Nemopilema Nomurai Venom -tunnistukselle', Genomics, 115 (6), s. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et ai. (2023) 'Nano-seq-analyysi paljastaa erilaisen funktionaalisen taipumuksen eksosomien ja HUMSC: stä johdettujen mikrovesikkelien, kantasolujen tutkimuksen ja terapian välillä, 14 (1), s. 1–13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/taulukot/6.
