Eukaryoottinen mRNA -analyysi (vertailupohjaiset ja de novo -vaihtoehdot saatavilla)
Tämä putkilinja käyttää NGS RNA-Seq -tietoa syöttöön ja tuottaa tuloksia useista alavirran analyyseistä, mukaan lukien, mutta rajoittumatta siihen: Tietojen laadun arviointi, sekvensointi,de novoTranskriptiokohdan merkintä, muuttuvan silmukoinanalyysi, differentiaalinen ekspressioanalyysi, funktion merkintä ja rikastusanalyysi.
Pitkä ei-koodaava RNA-analyysi
Pitkät koodaamattomat RNA: t (lncRNA) ovat koodaamattomia transkripteja, joiden pituudet ovat yli 200 NT, ja tiedetään olevan roolia kromatiinin organisaatiossa ja säätelyssä. Korkean suorituskyvyn sekvensointitekniikat ja bioinformaattiset ovat valtuuttaneet ymmärtävän lncRNA-sekvenssimme ja sijaintitietomme tunnistaakseen lncRNA: t tärkeiden säätelytoimintojen kanssa. Tämä putkilinja tarjoaa lncRNA -analyysin eukaryoottisen mRNA -analyysin putkilinjassa mainittujen analyysien lisäksi.
16S/18S/Sen amplicon -sekvensointi
Amplicon -sekvensointi Mikrobien monimuotoisuusanalyysiputkisto kehitettiin vuosien kokemuksen perusteella mikrobien monimuotoisuusprojektin analyysistä. Putkilinja sisältää standardisoidun perusanalyysin, joka kattaa nykyisen mikrobitutkimuksen ja henkilökohtaisen analyysin valtavirran analyysipitoisuuden. Analyysiraportti on rikas ja kattava, ja siinä on mahdollisuus suorittaa monipuolinen henkilökohtainen analyysi. Lisäksi näytteitä ja ryhmiä voidaan muokata lennossa räätälöintia ja hallintaa varten.
Haulikko Metagenomian analyysi
Haulikko -metagenominen analyysiputkisto käyttää NGS -tietoja ympäristönäytteistä uutetuista sekoitetuista genomimateriaaleista. Mukana olevat analyysit tarjoavat yksityiskohtaista tietoa lajien monimuotoisuudesta ja runsaudesta, populaatiorakenteesta, fylogeneettisestä suhteesta, funktionaalisista geeneistä ja korrelaatioverkoista ympäristötekijöiden kanssa.
NGS-WGS-variantianalyysi
NGS-WGS-variantianalyysi on integroitu variantin havaitsemisputki, joka suorittaa tiedon laadunvalvontaa, sekvenssin kohdistamista, merkintää ja geenimutaatioanalyysiä. Putkilinja noudattaa GATK: n parhaita SNP- ja Indeli -havaitsemisen käytäntöjä ja käyttää Manta rakenteellisessa variantissa.
Genomin laaja assosiaatiotutkimus (GWAS)
GWAS -putkilinja on alavirran analyysi, joka ottaa aiemmin luotuja VCF -tiedostoja ja vastaavia fenotyyppitietoja henkilöiden kohortille. Erityisiä tilastollisia menetelmiä käyttämällä GWAS: n tavoitteena on paljastaa genomin laajuiset nukleotidivaihteet korreloivat fenotyyppisten erojen kanssa. Sillä on ratkaiseva rooli tutkittaessa funktionaalisia geenejä, jotka liittyvät monimutkaisisiin ihmisen sairauksiin ja monimutkaisiin piirteisiin kasveissa ja eläimissä.
Irtotavarana erotteluanalyysi (BSA)
BSA -analyysiin sisältyy yksilöiden yhdistäminen, joilla on äärimmäisiä fenotyyppisiä piirteitä erottelevasta populaatiosta. Vertaamalla differentiaalisia lokuksia yhdistettyjen näytteiden välillä, tämä lähestymistapa tunnistaa nopeasti tiiviisti kytkettyjä kohdegeeneihin liittyviä molekyylimarkkereita. Kasvien ja eläinten geneettisessä kartoituksessa käytetty laajasti se on arvokas työkalu markkeriavusteiseen jalostukseen.
Evoluutiogeneettianalyysi
Evolutionary Genetics -analyysi työnkulku hyödyntää BMKGenen laajaa kokemusta geneettisistä evoluutioprojekteista ja sisältää fylogeneettisen puun rakenteen, kytkentä epätasapainon analyysin, geneettisen monimuotoisuuden arvioinnin, selektiivisen pyyhkäisyn tunnistamisen, sukulaisuuden analyysin, pääkomponenttianalyysin ja populaatiorakenteen karakterisoinnin.
