Evoluutiogenetiikka
Palvelun edut
Takagi et ai.,Plant Journal, 2013
●Kattava bioinformaattinen analyysi:Geneettisen monimuotoisuuden arvioinnin mahdollistaminen, joka heijastaa lajien evoluutiopotentiaalia ja paljastaa luotettavan fylogeneettisen suhteen lajien välillä, joilla on minimoitu vaikutus lähentymiseen
●Valinnainen räätälöity analyysi: kuten divergenssiajan ja nopeuden arviointi nukleotidi- ja aminohappojen variaatioiden perusteella.
●Laaja asiantuntemus- ja julkaisutiedot: Bmkgene on kerännyt massiivista kokemusta väestö- ja evoluutiogenetiikkaprojekteista yli 15 vuoden ajan, joka kattaa tuhansia lajeja jne. Ja myötävaikuttanut yli 1000 korkean tason hanketta, joka on julkaistu Nature Communicationsissa, molekyylikasvissa, kasvien bioteknologialehdessä jne.
● Korkeasti ammattitaitoinen bioinformatiikkatiimi ja lyhyt analyysisykli: BMKGENE: n tiimi tarjoaa suuren kokemuksen edistyneestä genomianalyysistä kattavia analyysejä nopealla käännösajalla.
● Myynnin jälkeinen tuki:Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen jälkeen 3 kuukauden jälkeisellä palvelujaksolla. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua sekä Q & A-istuntoja tuloksiin liittyvien kyselyjen ratkaisemiseksi.
Palvelun eritelmät ja vaatimukset
| Sekvensointityyppi | Suositeltu väestöasteikko | Sekvensointistrategia | Nukleotidivaatimukset |
| Koko genomin sekvensointi | ≥ 30 yksilöä, ≥ 10 yksilöä jokaisesta alaryhmästä
| 10x | Pitoisuus: ≥ 1 ng/ µl Kokonaismäärä ≥ 30 ng Rajoitettu tai ei mitään hajoamista tai saastumista |
| Spesifinen-locus monistettu fragmentti (SLAF) | Tunnisteiden syvyys: 10x Tunnisteiden lukumäärä: <400 Mt: WGS suositellaan <1 Gt: 100K -tunnisteet 1 Gt > 2 Gt: 300K -tunnisteet Max 500K -tunnisteet | Pitoisuus ≥ 5 ng/µl Kokonaismäärä ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Agaroosigeeli: Ei rajoitettua hajoamista tai saastumista
|
Huoltotyövirta
Kokeen suunnittelu
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Palvelu sisältää populaatiorakenteen analysoinnin (fylogeneettinen puu, PCA, populaation stratifikaatiotaulukko), väestön monimuotoisuus ja populaation valinta (kytkentä epätasapaino, edullisten kohtien selektiivinen pyyhkäisyvalinta). Palvelu voi sisältää myös räätälöityjä analyysejä (esim. Erotteluaika, geenivirta).
*Tässä esitetyt demotulokset ovat kaikki genomeista, jotka on julkaistu BMKGENE: llä
1. Evoluutioanalyysi sisältää fylogeneettisen puun, populaatiorakenteen ja PCA: n rakenteen geneettisiin variaatioihin.
Fylogeneettinen puu edustaa taksonomisia ja evoluutiosuhteita lajien välillä yhteisen esi -isän kanssa.
PCA: n tavoitteena on visualisoida läheisyys ala-populaatioiden välillä.
Populaatiorakenne osoittaa geneettisesti erillisen ala-populaation esiintymisen alleelitaajuuksilla.
Chen, et. al.,PNA: t, 2020
2.Selektiivinen pyyhkäisy
Selektiivinen pyyhkäisy viittaa prosessiin, jolla valitaan edullinen paikka ja kytkettyjen neutraalien kohteiden taajuudet lisääntyvät ja merkityksettömien kohteiden vähentymättömien kohteiden, mikä johtaa alueellisen vähentymiseen.
Genomin laajuinen havaitseminen selektiivisillä pyyhkäisyalueilla prosessoidaan laskemalla populaation geneettinen indeksi （π ， FST, Tajiman d) kaikkien SNP: ien liukuikkunassa (100 kb) tietyssä vaiheessa (10 kb).
Nukleotidin monimuotoisuus (π）
Tajiman d
Kiinnitysindeksi (FST)
Wu, et. al.,Molekyylikasvi, 2018
3.geenivirta
Wu, et. al.,Molekyylikasvi, 2018
4.Demografinen historia
Zhang, et. al.,Luonnonekologia ja evoluutio, 2021
5.Diverenssiaika
Zhang, et. al.,Luonnonekologia ja evoluutio, 2021
Tutustu Bmkgenen evoluutiogenetiikkapalvelujen helpottamiin edistyksiin kuratoidun julkaisujen avulla:
Hassanyar, Ak et ai. (2023) 'SNP-molekyylimarkkereiden ja ehdokasgeenien löytäminen, jotka liittyvät sacbrood-virusresistenssiin sovellusliittymissä cerana cerana-toukkia koko genomin uudelleensuunnittelulla',International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et ai. (2022) 'Villin, geneettisesti puhtaan kiinalaisen jättiläisen salamanderin löytäminen luo uusia suojelumahdollisuuksia ",Eläintieteellinen tutkimus, 2022, voi. 43, numero 3, sivut: 469-480, 43 (3), s. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et ai. (2022) 'Fylogeografinen kuvio ja populaation evoluution historia alkuperäiskansojen Elymus sibiricus L. on Qinghai-Tiibetin tasangolla',Kasvitieteen rajat, 13, s. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et ai. (2022) 'Genomiset näkemykset longan-evoluutiosta kromosomitason genomikokoonpanosta ja longan-liittymien populaatiogenomista ",Puutarhatutkimus, 9. doi: 10.1093/h/UHAC021.
