Illumina valmiiksi tehdyt kirjastot
Ominaisuudet
●Alustat:Illumina NovaSeq 6000 ja NovaSeq X Plus
●Sekvensointitilat:PE150 ja PE250
●Kirjastojen laadunvalvonta ennen sekvensointia
●Sekvensointitietojen laadunvalvonta ja toimitus:QC-raportin ja raakadatan toimitus fastq-muodossa demultipleksoinnin ja Q30-lukujen suodatuksen jälkeen
Palvelun edut
●Sekvensointipalveluiden monipuolisuus:asiakas voi valita järjestyksen kaistan, virtaussolun tai vaaditun tiedon määrän mukaan (osittainen kaistan sekvensointi).
●Laaja kokemus Illumina-sekvensointialustasta:tuhansia suljettuja projekteja eri lajien kanssa.
●Sekvensoinnin laadunvalvontaraportin toimitus:laatumittareiden, tietojen tarkkuuden ja sekvensointiprojektin yleisen suorituskyvyn kanssa.
●Aikuinen sekvensointiprosessi:lyhyellä läpimenoajalla.
●Tiukka laadunvalvonta: Noudatamme tiukkoja laadunvalvontavaatimuksia varmistaaksemme jatkuvasti korkealaatuisten tulosten toimituksen.
Mallialustoja
| Alusta | Flow Cell | Sekvensointitila | Yksikkö | Arvioitu tuotanto |
| NovaSeq X | 10B (8 kaistaa) | PE150 | Yksikaistainen Osittainen kaista | 375 Gb / kaista |
| 25B (8 kaistaa) | PE150 | Yksikaistainen Osittainen kaista | 1000 Gb/kaista | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow -kenno (2 kaistaa) | PE250 | Flow Cell Yksikaistainen Osittainen kaista | 325-400 M lukemia / kaista |
| S4 Flow cell (4 kaistaa) | PE150 | Flow Cell Yksikaistainen Osittainen kaista | ~800 Gb / kaista |
Esimerkkivaatimukset
| Tietojen määrä (X) | Pitoisuus (qPCR/nM) | Äänenvoimakkuus | |
| Osittainen kaistajärjestys
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Kaistojen sekvensointi | Per Lane | ≥ 1,5 nM / kirjastopooli | ≥ 25 μl / kirjastoallas |
Konsentraation ja kokonaismäärän lisäksi tarvitaan myös sopiva huippukuvio.
Huomautus: Mataladiversiteettikirjastojen kaistan sekvensointi vaatii PhiX-piikkiin, jotta varmistetaan vankka peruskutsu.
Suosittelemme esipoolattujen kirjastojen lähettämistä näytteinä. Jos tarvitset BMKGENEä kirjastojen yhdistämiseen, katso
kirjastovaatimukset osittaiselle kaistasekvenssille.
Kirjaston koko (huippukartta)
Päähuipun tulee olla 300–450 bp:n sisällä.
Kirjastoissa tulisi olla yksi pääpiikki, ei adapterin kontaminaatiota eikä alukedimeerejä.
Ota meihin yhteyttä, jos näytteesi eivät täytä lähtöainevaatimuksia.
Palvelun työnkulku
Kirjaston laadunvalvonta
Sekvensointi
Tietojen laadunvalvonta
Projektin toimitus
Kirjaston laadunvalvontaraportti
Raportti kirjaston laadusta tarjotaan ennen sekvensointia, kirjaston määrän ja pirstoutumisen arviointia.
Sekvensointi QC-raportti
Taulukko 1. Sekvensointitietojen tilastot.
| Esimerkki ID | BMKID | Raakoja lukemia | Raakadata (bp) | Puhtaat lukemat (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Kuva 1. Laatujakauma kunkin näytteen lukemien mukaan
Kuva 2. Perussisällön jakelu
Kuva 3. Lukujen sisällön jakautuminen sekvensointitiedoissa
