DNA/RNA -sekvensointi -Pacbio -sekvensseri
Piirteet
Kaksi sekvensointitilaa Pacbio -sekvensserissä: jatkuva pitkä luku (CLR) ja pyöreä konsensusluku (CCS)
| Sekvensointitila | Kirjaston koko | Teoreettinen tietoSaanto (solua kohti) | YksipohjaTarkkuus | Sovellukset |
| Clr | 20 kt, 30 kt jne. | 80 GB - 130 Gt | Noin 85% | De novo, SV -soittaminen jne. |
| CCS | 15-20 kb | 14 - 40 Gt/solu (jatko II) 70 - 110 Gt/solu (Revitio) Riippuu näytteistä | Noin 99% | De novo, SNP/Indel/SV Calling, ISO-Seq, |
Revoion ja jatko -osan II suorituskyvyn ja piirteiden vertailu
| Sanat | Jatko -osa -järjestelmä | Revio -järjestelmä | Lisätä |
| Suurempi tiheys | 8 miljoonaa ZMW: tä | 25 miljoonaa ZMW: tä | 3x |
| Riippumattomat vaiheet | 1 | 4 | 4x |
| Lyhyemmät ajoajat | 30 tuntia | 24 tuntia | 1,25x |
| 30x HIFI -ihmisen genomit / vuosi | 88 | 1 300 | 15x kokonaisuutena |
Palvelun edut
● Yli 8 vuoden kokemus Pacbio -sekvensointialustasta tuhansilla suljettujen projektien kanssa eri lajien kanssa.
● Täysin varustettu uusimmilla Pacbio -sekvensointiympäristöillä, Revitio, jotta taataan riittävä sekvensointialue.
● Nopeampi kääntymisaika, korkeampi datan saanto ja tarkempi tieto.
● Osallistunut satoihin vaikuttaviin Pacbio-pohjaisiin julkaisuihin.
Näytteenottovaatimukset
| Näytetyyppi | Määrä | Keskittyminen （Qubit®） | Tilavuus | Puhtaus | Toiset |
| Genominen DNA | Riippuvat tietojen vaatimuksista | ≥50 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Selkeä huippu 260 nm ，ei saastumia | Pitoisuus on mitattava qubit- ja qubit/nanoporella = 0,8-2,5 |
| RNA: n kokonaismäärä | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；ei saastumia | RIN -arvo ≥7,5 5 ≥28s/18S ≥1 |
Palvelun työnkulku
Näytteen valmistelu
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Projektin toimitus
1. talon tietojen sato
Tiedot, jotka on tuotettu 63 cm3: sta (26 lajista)
| Tiedot-Pacbio-CCS-15 kb | Keskimäärin | Max | Mini | Mediaani |
| Saanto - Subreads (GB) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426.58 |
| Yleyd - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymeraasi N50 | 145 651 | 175 430 | 118 118 | 144 689 |
| Subreads N50 | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Keskimäärin polymeraasi | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Keskimääräiset pituusluket | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Keskimääräinen pituus-CCS | 14 489 | 19 074 | 8575 | 14 655 |
16 CLR -solusta (76 lajista) tuotettua tietoa (76 lajista)
| Data-Pacbio-CLR-30KB | Keskimäärin | Max | Mini | Mediaani |
| Saanto - Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymeraasi N50 | 39 456 | 121 191 | 15 389 | 35 231 |
| Subreads N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Keskimäärin polymeraasi | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Keskimääräiset pituusluket | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC - DemoTietojen saannon tilastot
| Näyte | CCS lukee NUM: n | CCS -tukikohdat (BP) | CCS lukee N50 (bp) | CCS -keskiarvo (bp) | CCS Pisin lukeminen (BP) | Subreads -tukikohdat (BP) | CCS -korko (%) |
| Pb_bmkxxx | 3 444,159 | 54 164,122,586 | 15 728 | 15 726 | 36,110 | 863 326 330 465 | 6.27 |
